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Structure paper

タイトルInhibition mechanism of NKCC1 involves the carboxyl terminus and long-range conformational coupling.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 43, Page eabq0952, Year 2022
掲載日2022年10月28日
著者Mitchell A Moseng / Chih-Chia Su / Kerri Rios / Meng Cui / Meinan Lyu / Przemyslaw Glaza / Philip A Klenotic / Eric Delpire / Edward W Yu /
PubMed 要旨The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical ...The Na-K-2Cl cotransporter-1 (NKCC1) is an electroneutral Na-dependent transporter responsible for simultaneously translocating Na, K, and Cl ions into cells. In human tissue, NKCC1 plays a critical role in regulating cytoplasmic volume, fluid intake, chloride homeostasis, and cell polarity. Here, we report four structures of human NKCC1 (hNKCC1), both in the absence and presence of loop diuretic (bumetanide or furosemide), using single-particle cryo-electron microscopy. These structures allow us to directly observe various novel conformations of the hNKCC1 dimer. They also reveal two drug-binding sites located at the transmembrane and cytosolic carboxyl-terminal domains, respectively. Together, our findings enable us to delineate an inhibition mechanism that involves a coupled movement between the cytosolic and transmembrane domains of hNKCC1.
リンクSci Adv / PubMed:36306358 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.28 - 3.87 Å
構造データ

24074

7mxo

EMDB-24074, PDB-7mxo:
CryoEM structure of human NKCC1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

24141

7n3n

EMDB-24141, PDB-7n3n:
CryoEM structure of human NKCC1 state Fu-I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

25092

7sfl

EMDB-25092, PDB-7sfl:
Human NKCC1 state Fu-II
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.87 Å

25204

7smp

EMDB-25204, PDB-7smp:
CryoEM structure of NKCC1 Bu-I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

40759

8ste

EMDB-40759, PDB-8ste:
Cryo-EM structure of NKCC1 Fu_CTD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-FUN:
5-(AMINOSULFONYL)-4-CHLORO-2-[(2-FURYLMETHYL)AMINO]BENZOIC ACID / フロセミド / 薬剤*YM

ChemComp-82U:
3-(butylamino)-4-phenoxy-5-sulfamoylbenzoic acid / ブメタニド / 薬剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Sodium / potassium / chloride / co-transporter / ions / human / CTD / TMD / full-length / furosemide / diuretic / loop diuretic / NKCC1 / Transport Protein / cotransporter / dimer / ion

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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