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タイトルProbing ligand binding of endothiapepsin by `temperature-resolved' macromolecular crystallography.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr D Struct Biol, Vol. 78, Page 964-974, Year 2022
掲載日2021年12月20日 (構造データの登録日)
著者Huang, C.Y. / Aumonier, S. / Engilberge, S. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Leonarski, F. / Wojdyla, J.A. / Beale, J.H. / Buntschu, D. / Pauluhn, A. ...Huang, C.Y. / Aumonier, S. / Engilberge, S. / Eris, D. / Smith, K.M.L. / Leonarski, F. / Wojdyla, J.A. / Beale, J.H. / Buntschu, D. / Pauluhn, A. / Sharpe, M.E. / Metz, A. / Olieric, V. / Wang, M.
リンクActa Crystallogr D Struct Biol / PubMed:35916221
手法X線回折
解像度1.39 - 1.81 Å
構造データ

PDB-7qlt:
Endothiapepsin in complex with ligand TL00150 in 10% DMSO at 100K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-7qlu:
Endothiapepsin apo at 100K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-7qlv:
Endothiapepsin in 5% DMSO at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-7qlw:
Endothiapepsin in 10% DMSO at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

PDB-7qlx:
Endothiapepsin in 20% DMSO at 100 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.39 Å

PDB-7qly:
Endothiapepsin apo at 298K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qlz:
Endothiapepsin in 5% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm0:
Endothiapepsin in 10% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm1:
Endothiapepsin in 20% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm3:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 in 5% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm4:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 in 8% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm5:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 in 10% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm6:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 in 15% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-7qm7:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 in 20% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm8:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 in 40% DMSO at 298 K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qm9:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qma:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmb:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 3)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmc:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 4)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmd:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 5)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qme:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 6)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmf:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 7)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmg:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 8)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmh:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmi:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 10)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmj:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 11)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmk:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 12)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qml:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 13)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmm:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 14)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmn:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 15)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmo:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 16)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmp:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 17)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmq:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping down structure 18)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmr:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qms:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmt:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 3)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmu:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 4)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmv:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 5)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmw:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 6)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmx:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 7)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmy:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 8)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qmz:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 9)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qn0:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 10)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qn1:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 11)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qn2:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 12)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qn3:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 13)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-7qn4:
Endothiapepsin in complex with compound TL00150 at room-temperature (temperature ramping up structure 14)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

化合物

ChemComp-PG5:
1-METHOXY-2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHANE / トリグライム

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-U1H:
[4-(trifluoromethyl)phenyl]methanamine / 4-(トリフルオロメチル)ベンジルアミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • cryphonectria parasitica (菌類)
キーワードHYDROLASE / Endopeptidase

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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