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タイトルN-type fast inactivation of a eukaryotic voltage-gated sodium channel.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 2713, Year 2022
掲載日2022年5月17日
著者Jiangtao Zhang / Yiqiang Shi / Junping Fan / Huiwen Chen / Zhanyi Xia / Bo Huang / Juquan Jiang / Jianke Gong / Zhuo Huang / Daohua Jiang /
PubMed 要旨Voltage-gated sodium (Na) channels initiate action potentials. Fast inactivation of Na channels, mediated by an Ile-Phe-Met motif, is crucial for preventing hyperexcitability and regulating firing ...Voltage-gated sodium (Na) channels initiate action potentials. Fast inactivation of Na channels, mediated by an Ile-Phe-Met motif, is crucial for preventing hyperexcitability and regulating firing frequency. Here we present cryo-electron microscopy structure of NaEh from the coccolithophore Emiliania huxleyi, which reveals an unexpected molecular gating mechanism for Na channel fast inactivation independent of the Ile-Phe-Met motif. An N-terminal helix of NaEh plugs into the open activation gate and blocks it. The binding pose of the helix is stabilized by multiple electrostatic interactions. Deletion of the helix or mutations blocking the electrostatic interactions completely abolished the fast inactivation. These strong interactions enable rapid inactivation, but also delay recovery from fast inactivation, which is ~160-fold slower than human Na channels. Together, our results provide mechanistic insights into fast inactivation of NaEh that fundamentally differs from the conventional local allosteric inhibition, revealing both surprising structural diversity and functional conservation of ion channel inactivation.
リンクNat Commun / PubMed:35581266 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.83 Å
構造データ

33016

7x5v

EMDB-33016: Ion channel
PDB-7x5v: NaVEh Sodium channel, and NaVEh from the coccolithophore Emiliania huxleyi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

由来
  • emiliania huxleyi (真核生物)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ion channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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