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タイトルThe cryo-EM structure of the S-layer deinoxanthin-binding complex of Deinococcus radiodurans informs properties of its environmental interactions.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 298, Issue 6, Page 102031, Year 2022
掲載日2022年5月13日
著者Domenica Farci / Patrycja Haniewicz / Daniele de Sanctis / Luca Iesu / Sami Kereïche / Mathias Winterhalter / Dario Piano /
PubMed 要旨The radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans is known as the world's toughest bacterium. The S-layer of D. radiodurans, consisting of several proteins on the surface of the cellular ...The radiation-resistant bacterium Deinococcus radiodurans is known as the world's toughest bacterium. The S-layer of D. radiodurans, consisting of several proteins on the surface of the cellular envelope and intimately associated with the outer membrane, has therefore been useful as a model for structural and functional studies. Its main proteinaceous unit, the S-layer deinoxanthin-binding complex (SDBC), is a hetero-oligomeric assembly known to contribute to the resistance against environmental stress and have porin functional features; however, its precise structure is unknown. Here, we resolved the structure of the SDBC at ∼2.5 Å resolution by cryo-EM and assigned the sequence of its main subunit, the protein DR_2577. This structure is characterized by a pore region, a massive β-barrel organization, a stalk region consisting of a trimeric coiled coil, and a collar region at the base of the stalk. We show that each monomer binds three Cu ions and one Fe ion and retains one deinoxanthin molecule and two phosphoglycolipids, all exclusive to D. radiodurans. Finally, electrophysiological characterization of the SDBC shows that it exhibits transport properties with several amino acids. Taken together, these results highlight the SDBC as a robust structure displaying both protection and sieving functions that facilitates exchanges with the environment.
リンクJ Biol Chem / PubMed:35577074 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 2.88 Å
構造データ

14714

7zgx

EMDB-14714: Complex C1 symmetry
PDB-7zgx: S-layer Deinoxanthin Binding Complex, C1 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

14715

7zgy

EMDB-14715, PDB-7zgy:
S-layer Deinoxanthin Binding Complex, C3 symmetry
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

化合物

ChemComp-JPI:
(3~{S},5~{R},6~{R})-5-[(3~{S},7~{R},12~{S},16~{S},20~{S})-3,7,12,16,20,24-hexamethyl-24-oxidanyl-pentacosyl]-4,4,6-trimethyl-cyclohexane-1,3-diol

ChemComp-JQ6:
[(2~{S})-2-acetyloxy-3-[[(2~{S})-3-[(2~{R},3~{S},4~{S},5~{S},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-3-(octadecanoylamino)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanylidene-1-(pentylamino)propan-2-yl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propyl] ethanoate

ChemComp-JPX:
[(2~{S})-3-[[(2~{S})-3-[(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{S})-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)-3-(propanoylamino)oxan-2-yl]oxy-1-oxidanylidene-1-(pentadecylamino)propan-2-yl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-2-octanoyloxy-propyl] decanoate

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-FE:
Unknown entry

由来
  • deinococcus radiodurans r1 (放射線耐性)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PROTEIN / S-layer / deinococcus radiodurans / DR_2577 / S-layer Deinoxanthin Binding Complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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