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Structure paper

タイトルMolecular insights into biogenesis of glycosylphosphatidylinositol anchor proteins.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 2617, Year 2022
掲載日2022年5月12日
著者Yidan Xu / Guowen Jia / Tingting Li / Zixuan Zhou / Yitian Luo / Yulin Chao / Juan Bao / Zhaoming Su / Qianhui Qu / Dianfan Li /
PubMed 要旨Eukaryotic cells are coated with an abundance of glycosylphosphatidylinositol anchor proteins (GPI-APs) that play crucial roles in fertilization, neurogenesis, and immunity. The removal of a ...Eukaryotic cells are coated with an abundance of glycosylphosphatidylinositol anchor proteins (GPI-APs) that play crucial roles in fertilization, neurogenesis, and immunity. The removal of a hydrophobic signal peptide and covalent attachment of GPI at the new carboxyl terminus are catalyzed by an endoplasmic reticulum membrane GPI transamidase complex (GPI-T) conserved among all eukaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the human GPI-T at a global 2.53-Å resolution, revealing an equimolar heteropentameric assembly. Structure-based mutagenesis suggests a legumain-like mechanism for the recognition and cleavage of proprotein substrates, and an endogenous GPI in the structure defines a composite cavity for the lipid substrate. This elongated active site, stemming from the membrane and spanning an additional ~22-Å space toward the catalytic dyad, is structurally suited for both substrates which feature an amphipathic pattern that matches this geometry. Our work presents an important step towards the mechanistic understanding of GPI-AP biosynthesis.
リンクNat Commun / PubMed:35551457 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.53 Å
構造データ

32582

7wld

EMDB-32582, PDB-7wld:
Cryo-EM structure of the human glycosylphosphatidylinositol transamidase complex at 2.53 Angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-AJP:
Digitonin / ジギトニン / 可溶化剤*YM

ChemComp-BJR:
(4S,7R)-7-[(hexadecanoyloxy)methyl]-4-hydroxy-N,N,N-trimethyl-4,9-dioxo-3,5,8-trioxa-4lambda~5~-phosphahexacosan-1-aminium / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-05E:
2-azanylethyl [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl] hydrogen phosphate

ChemComp-PA1:
2-amino-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコサミン

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-DKB:
[(2R)-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] octadecanoate / O-(1-O-パルミトイル-2-O-ステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-2-アミノエタノ-ル

ChemComp-06O:
[(2~{R})-1-hexadecanoyloxy-3-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-2-hexadecanoyloxy-3,4,5,6-tetrakis(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] (9~{Z},11~{Z})-octadeca-9,11-dienoate

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE / GPI anchoring / GPI-AP / glycosylphosphatidylinositol transamidase / GPI transamidase / membrane protein complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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