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タイトルStructural Assembly of Qβ Virion and Its Diverse Forms of Virus-like Particles.
ジャーナル・号・ページViruses, Vol. 14, Issue 2, Year 2022
掲載日2022年1月24日
著者Jeng-Yih Chang / Karl V Gorzelnik / Jirapat Thongchol / Junjie Zhang /
PubMed 要旨The coat proteins (CPs) of single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) directly assemble around the genomic RNA (gRNA) to form a near-icosahedral capsid with a single maturation protein (Mat) ...The coat proteins (CPs) of single-stranded RNA bacteriophages (ssRNA phages) directly assemble around the genomic RNA (gRNA) to form a near-icosahedral capsid with a single maturation protein (Mat) that binds the gRNA and interacts with the retractile pilus during infection of the host. Understanding the assembly of ssRNA phages is essential for their use in biotechnology, such as RNA protection and delivery. Here, we present the complete gRNA model of the ssRNA phage Qβ, revealing that the 3' untranslated region binds to the Mat and the 4127 nucleotides fold domain-by-domain, and is connected through long-range RNA-RNA interactions, such as kissing loops. Thirty-three operator-like RNA stem-loops are located and primarily interact with the asymmetric A/B CP-dimers, suggesting a pathway for the assembly of the virions. Additionally, we have discovered various forms of the virus-like particles (VLPs), including the canonical = 3 icosahedral, larger = 4 icosahedral, prolate, oblate forms, and a small prolate form elongated along the 3-fold axis. These particles are all produced during a normal infection, as well as when overexpressing the CPs. When overexpressing the shorter RNA fragments encoding only the CPs, we observed an increased percentage of the smaller VLPs, which may be sufficient to encapsidate a shorter RNA.
リンクViruses / PubMed:35215818 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.6 - 8.9 Å
構造データ

23321

7lge

EMDB-23321: Phage Qbeta T=4 particle
PDB-7lge: Asymmetric unit for phage Qbeta T=4 particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

23322

7lgf

EMDB-23322: Phage Qbeta prolate particle
PDB-7lgf: Asymmetric unit for phage Qbeta prolate particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

23323

7lgg

EMDB-23323: Phage Qbeta oblate particle
PDB-7lgg: Asymmetric unit for phage Qbeta oblate particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.2 Å

23324

7lgh

EMDB-23324: Phage Qbeta small prolate particle
PDB-7lgh: Asymmetric unit for phage Qbeta small prolate particle
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

23336

7lhd

EMDB-23336: Phage Qbeta virion
PDB-7lhd: The complete model of phage Qbeta virion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

由来
  • escherichia phage qbeta (ファージ)
  • Bacteriophage Q-beta (ファージ)
  • escherichia virus qbeta (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Bacteriophage / Virus / Qbeta / prolate / oblate / Small prolate / VIRUS/RNA / Virion / VIRUS-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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