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タイトル8 Å structure of the outer rings of the Xenopus laevis nuclear pore complex obtained by cryo-EM and AI.
ジャーナル・号・ページProtein Cell, Vol. 13, Issue 10, Page 760-777, Year 2022
掲載日2022年1月11日
著者Linhua Tai / Yun Zhu / He Ren / Xiaojun Huang / Chuanmao Zhang / Fei Sun /
PubMed 要旨The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo- ...The nuclear pore complex (NPC), one of the largest protein complexes in eukaryotes, serves as a physical gate to regulate nucleocytoplasmic transport. Here, we determined the 8 Å resolution cryo-electron microscopic (cryo-EM) structure of the outer rings containing nuclear ring (NR) and cytoplasmic ring (CR) from the Xenopus laevis NPC, with local resolutions reaching 4.9 Å. With the aid of AlphaFold2, we managed to build a pseudoatomic model of the outer rings, including the Y complexes and flanking components. In this most comprehensive and accurate model of outer rings to date, the almost complete Y complex structure exhibits much tighter interaction in the hub region. In addition to two copies of Y complexes, each asymmetric subunit in CR contains five copies of Nup358, two copies of the Nup214 complex, two copies of Nup205 and one copy of newly identified Nup93, while that in NR contains one copy of Nup205, one copy of ELYS and one copy of Nup93. These in-depth structural features represent a great advance in understanding the assembly of NPCs.
リンクProtein Cell / PubMed:35015240 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度7.8 - 8.9 Å
構造データ

31891

7vci

EMDB-31891, PDB-7vci:
Structure of Xenopus laevis NPC nuclear ring asymmetric unit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.1 Å

EMDB-31892:
Cryo-EM structure of the nuclear ring asymmetric unit core of the Xenopus laevis nuclear pore complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-31893:
Cryo-EM structure of nuclear ring asymmetric unit region of Xenopus laevis nuclear pore complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

32056

7vop

EMDB-32056, PDB-7vop:
Cryo-EM structure of Xenopus laevis nuclear pore complex cytoplasmic ring subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-32060:
Cryo-EM structure of Xenopus laevis nuclear pore complex cytoplasmic ring subunit core region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.9 Å

EMDB-32061:
Cryo-EM structure of Xenopus laevis nuclear pore complex cytoplasmic ring Nup358 region
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.9 Å

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / nuclear pore complex / nuclear ring / asymmetric unit / cytoplasmic ring / cryo-EM / Xenopus laevis

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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