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Structure paper

タイトルStructural basis of branch site recognition by the human spliceosome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 375, Issue 6576, Page 50-57, Year 2022
掲載日2022年1月7日
著者Jonas Tholen / Michal Razew / Felix Weis / Wojciech P Galej /
PubMed 要旨Recognition of the intron branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is a critical event during spliceosome assembly. In mammals, BS sequences are poorly conserved, and ...Recognition of the intron branch site (BS) by the U2 small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) is a critical event during spliceosome assembly. In mammals, BS sequences are poorly conserved, and unambiguous intron recognition cannot be achieved solely through a base-pairing mechanism. We isolated human 17 U2 snRNP and reconstituted in vitro its adenosine 5´-triphosphate (ATP)–dependent remodeling and binding to the pre–messenger RNA substrate. We determined a series of high-resolution (2.0 to 2.2 angstrom) structures providing snapshots of the BS selection process. The substrate-bound U2 snRNP shows that SF3B6 stabilizes the BS:U2 snRNA duplex, which could aid binding of introns with poor sequence complementarity. ATP-dependent remodeling uncoupled from substrate binding captures U2 snRNA in a conformation that competes with BS recognition, providing a selection mechanism based on branch helix stability.
リンクScience / PubMed:34822310 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.05 - 3.3 Å
構造データ

EMDB-13793: Human 17S U2 snRNP 5' domain core
PDB-7q3l: Human 17S U2 snRNP 5' domain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.21 Å

EMDB-13810:
Human 17S U2 snRNP HEAT repeats
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-13811, PDB-7q4o:
Substrate-bound A-like U2 snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-13812, PDB-7q4p:
U2 snRNP after ATP-dependent remodelling
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.15 Å

EMDB-13813:
A-like U2 snRNP medium-resolution map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-13814:
AMP-PCP-treated A-like U2 snRNP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-13815:
U2 snRNP 5' domain high resolution map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.05 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER /

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • human (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードNUCLEAR PROTEIN / snRNP (核内低分子リボ核タンパク質) / Spliceosome (スプライセオソーム) / U2 snRNP / Splicing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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