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タイトルKainate receptor modulation by NETO2.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 599, Issue 7884, Page 325-329, Year 2021
掲載日2021年9月22日
著者Lingli He / Jiahui Sun / Yiwei Gao / Bin Li / Yuhang Wang / Yanli Dong / Weidong An / Hang Li / Bei Yang / Yuhan Ge / Xuejun Cai Zhang / Yun Stone Shi / Yan Zhao /
PubMed 要旨Glutamate-gated kainate receptors are ubiquitous in the central nervous system of vertebrates, mediate synaptic transmission at the postsynapse and modulate transmitter release at the presynapse. In ...Glutamate-gated kainate receptors are ubiquitous in the central nervous system of vertebrates, mediate synaptic transmission at the postsynapse and modulate transmitter release at the presynapse. In the brain, the trafficking, gating kinetics and pharmacology of kainate receptors are tightly regulated by neuropilin and tolloid-like (NETO) proteins. Here we report cryo-electron microscopy structures of homotetrameric GluK2 in complex with NETO2 at inhibited and desensitized states, illustrating variable stoichiometry of GluK2-NETO2 complexes, with one or two NETO2 subunits associating with GluK2. We find that NETO2 accesses only two broad faces of kainate receptors, intermolecularly crosslinking the lower lobe of ATD, the upper lobe of LBD and the lower lobe of LBD, illustrating how NETO2 regulates receptor-gating kinetics. The transmembrane helix of NETO2 is positioned proximal to the selectivity filter and competes with the amphiphilic H1 helix after M4 for interaction with an intracellular cap domain formed by the M1-M2 linkers of the receptor, revealing how rectification is regulated by NETO2.
リンクNature / PubMed:34552241
手法EM (単粒子)
解像度3.8 - 6.4 Å
構造データ

31459

7f56

EMDB-31459, PDB-7f56:
DNQX-bound GluK2-1xNeto2 complex, with asymmetric LBD
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

31460

7f57

EMDB-31460, PDB-7f57:
Kainate-bound GluK2-1xNeto2 complex, at the desensitized state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

31462

7f59

EMDB-31462, PDB-7f59:
DNQX-bound GluK2-1xNeto2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

31463

7f5a

EMDB-31463, PDB-7f5a:
DNQX-bound GluK2-2xNeto2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.4 Å

31464

7f5b

EMDB-31464, PDB-7f5b:
LBD-TMD focused reconstruction of DNQX-bound GluK2-1xNeto2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ionotropic glutamate receptors / Single-pass transmembrane proteins

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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