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Structure paper

タイトルGating the pore of the calcium-activated chloride channel TMEM16A.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 785, Year 2021
掲載日2021年2月4日
著者Andy K M Lam / Jan Rheinberger / Cristina Paulino / Raimund Dutzler /
PubMed 要旨The binding of cytoplasmic Ca to the anion-selective channel TMEM16A triggers a conformational change around its binding site that is coupled to the release of a gate at the constricted neck of an ...The binding of cytoplasmic Ca to the anion-selective channel TMEM16A triggers a conformational change around its binding site that is coupled to the release of a gate at the constricted neck of an hourglass-shaped pore. By combining mutagenesis, electrophysiology, and cryo-electron microscopy, we identified three hydrophobic residues at the intracellular entrance of the neck as constituents of this gate. Mutation of each of these residues increases the potency of Ca and results in pronounced basal activity. The structure of an activating mutant shows a conformational change of an α-helix that contributes to Ca binding as a likely cause for the basal activity. Although not in physical contact, the three residues are functionally coupled to collectively contribute to the stabilization of the gate in the closed conformation of the pore, thus explaining the low open probability of the channel in the absence of Ca.
リンクNat Commun / PubMed:33542223 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.3 - 4.1 Å
構造データ

12025

7b5c

EMDB-12025: Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac) chloride channel at 3.7 A resolution
PDB-7b5c: Structure of calcium-bound mTMEM16A(ac) chloride channel at 3.7 A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

12026

7b5d

EMDB-12026: Cryo-EM map of calcium-free mTMEM16A(ac)-I551A chloride channel at 3.3 A resolution
PDB-7b5d: Structure of calcium-free mTMEM16A(ac)-I551A chloride channel at 3.3 A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

12027

7b5e

EMDB-12027: Cryo-EM map of calcium-bound mTMEM16A(ac)-I551A chloride channel at 4.1 A resolution
PDB-7b5e: Structure of calcium-bound mTMEM16A(ac)-I551A chloride channel at 4.1 A resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ligand-gated ion channel / anoctamin-1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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