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Structure paper

タイトルDynamic DNA-bound PCNA complexes co-ordinate Okazaki fragment synthesis, processing and ligation.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 432, Issue 24, Page 166698, Year 2020
掲載日2020年12月4日
著者Yoshihiro Matsumoto / Rhys C Brooks / Aleksandr Sverzhinsky / John M Pascal / Alan E Tomkinson /
PubMed 要旨More than a million Okazaki fragments are synthesized, processed and joined during replication of the human genome. After synthesis of an RNA-DNA oligonucleotide by DNA polymerase α holoenzyme, ...More than a million Okazaki fragments are synthesized, processed and joined during replication of the human genome. After synthesis of an RNA-DNA oligonucleotide by DNA polymerase α holoenzyme, proliferating cell nuclear antigen (PCNA), a homotrimeric DNA sliding clamp and polymerase processivity factor, is loaded onto the primer-template junction by replication factor C (RFC). Although PCNA interacts with the enzymes DNA polymerase δ (Pol δ), flap endonuclease 1 (FEN1) and DNA ligase I (LigI) that complete Okazaki fragment processing and joining, it is not known how the activities of these enzymes are coordinated. Here we describe a novel interaction between Pol δ and LigI that is critical for Okazaki fragment joining in vitro. Both LigI and FEN1 associate with PCNA-Pol δ during gap-filling synthesis, suggesting that gap-filling synthesis is carried out by a complex of PCNA, Pol δ, FEN1 and LigI. Following ligation, PCNA and LigI remain on the DNA, indicating that Pol δ and FEN1 dissociate during 5' end processing and that LigI engages PCNA at the DNA nick generated by FEN1 and Pol δ. Thus, dynamic PCNA complexes coordinate Okazaki fragment synthesis and processing with PCNA and LigI forming a terminal structure of two linked protein rings encircling the ligated DNA.
リンクJ Mol Biol / PubMed:33157085 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度19.0 Å
構造データ

EMDB-21958:
The negative stain EM structure of the human DNA LigI-PCNA-DNA complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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