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タイトルArfB can displace mRNA to rescue stalled ribosomes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 11, Issue 1, Page 5552, Year 2020
掲載日2020年11月3日
著者Christine E Carbone / Gabriel Demo / Rohini Madireddy / Egor Svidritskiy / Andrei A Korostelev /
PubMed 要旨Ribosomes stalled during translation must be rescued to replenish the pool of translation-competent ribosomal subunits. Bacterial alternative rescue factor B (ArfB) releases nascent peptides from ...Ribosomes stalled during translation must be rescued to replenish the pool of translation-competent ribosomal subunits. Bacterial alternative rescue factor B (ArfB) releases nascent peptides from ribosomes stalled on mRNAs truncated at the A site, allowing ribosome recycling. Prior structural work revealed that ArfB recognizes such ribosomes by inserting its C-terminal α-helix into the vacant mRNA tunnel. In this work, we report that ArfB can efficiently recognize a wider range of mRNA substrates, including longer mRNAs that extend beyond the A-site codon. Single-particle cryo-EM unveils that ArfB employs two modes of function depending on the mRNA length. ArfB acts as a monomer to accommodate a shorter mRNA in the ribosomal A site. By contrast, longer mRNAs are displaced from the mRNA tunnel by more than 20 Å and are stabilized in the intersubunit space by dimeric ArfB. Uncovering distinct modes of ArfB function resolves conflicting biochemical and structural studies, and may lead to re-examination of other ribosome rescue pathways, whose functions depend on mRNA lengths.
リンクNat Commun / PubMed:33144582 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.2 - 3.8 Å
構造データ

22459

7jss

EMDB-22459, PDB-7jss:
ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

22461

7jsw

EMDB-22461, PDB-7jsw:
ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-III)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

22464

7jsz

EMDB-22464, PDB-7jsz:
ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-IV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-22465:
70S ribosome stalled on truncated mRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

22466

7jt1

EMDB-22466, PDB-7jt1:
70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound (+9-III)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-22467:
70S rotated ribosome stalled on truncated mRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-22468:
70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB C-terminus bound in the mRNA tunnel
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

22469

7jt2

EMDB-22469, PDB-7jt2:
70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB bound in the A site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-22470:
70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB bound in the A site (+9-VI)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-22471:
Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 bound in the A site (+9-V)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

22472

7jt3

EMDB-22472, PDB-7jt3:
Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound in the A site (+9-IV)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRibosome/TRANSLATION / Ribosome / ArfB / mRNA / TRANSLATION / Ribosome-TRANSLATION complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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