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Structure paper

タイトルStructural basis of transcription-translation coupling and collision in bacteria.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6509, Page 1355-1359, Year 2020
掲載日2020年9月11日
著者Michael William Webster / Maria Takacs / Chengjin Zhu / Vita Vidmar / Ayesha Eduljee / Mo'men Abdelkareem / Albert Weixlbaumer /
PubMed 要旨Prokaryotic messenger RNAs (mRNAs) are translated as they are transcribed. The lead ribosome potentially contacts RNA polymerase (RNAP) and forms a supramolecular complex known as the expressome. The ...Prokaryotic messenger RNAs (mRNAs) are translated as they are transcribed. The lead ribosome potentially contacts RNA polymerase (RNAP) and forms a supramolecular complex known as the expressome. The basis of expressome assembly and its consequences for transcription and translation are poorly understood. Here, we present a series of structures representing uncoupled, coupled, and collided expressome states determined by cryo-electron microscopy. A bridge between the ribosome and RNAP can be formed by the transcription factor NusG, which stabilizes an otherwise-variable interaction interface. Shortening of the intervening mRNA causes a substantial rearrangement that aligns the ribosome entrance channel to the RNAP exit channel. In this collided complex, NusG linkage is no longer possible. These structures reveal mechanisms of coordination between transcription and translation and provide a framework for future study.
リンクScience / PubMed:32820062
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.9 Å
構造データ

11418

6ztj

EMDB-11418, PDB-6ztj:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (38 nt intervening mRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

11419

6ztl

EMDB-11419, PDB-6ztl:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state bound to NusG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

11420

6ztm

EMDB-11420, PDB-6ztm:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state without NusG
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

11421

6ztn

EMDB-11421, PDB-6ztn:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in NusG-coupled state (42 nt intervening mRNA)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

11422

6zto

EMDB-11422, PDB-6zto:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

11423

6ztp

EMDB-11423, PDB-6ztp:
E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

11426

6zu1

EMDB-11426: Uncoupled E. coli expressome, state 2
PDB-6zu1: E. coli 70S-RNAP expressome complex in uncoupled state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PHE:
PHENYLALANINE / フェニルアラニン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION / Transcription / Translation / Expressome / Ribosome / RNA polymerase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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