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Structure paper

タイトルStructural basis for transcription inhibition by E. coli SspA.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 48, Issue 17, Page 9931-9942, Year 2020
掲載日2020年9月25日
著者Fulin Wang / Jing Shi / Dingwei He / Bei Tong / Chao Zhang / Aijia Wen / Yu Zhang / Yu Feng / Wei Lin /
PubMed 要旨Stringent starvation protein A (SspA) is an RNA polymerase (RNAP)-associated protein involved in nucleotide metabolism, acid tolerance and virulence of bacteria. Despite extensive biochemical and ...Stringent starvation protein A (SspA) is an RNA polymerase (RNAP)-associated protein involved in nucleotide metabolism, acid tolerance and virulence of bacteria. Despite extensive biochemical and genetic analyses, the precise regulatory role of SspA in transcription is still unknown, in part, because of a lack of structural information for bacterial RNAP in complex with SspA. Here, we report a 3.68 Å cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) with SspA. Unexpectedly, the structure reveals that SspA binds to the E. coli σ70-RNAP holoenzyme as a homodimer, interacting with σ70 region 4 and the zinc binding domain of EcoRNAP β' subunit simultaneously. Results from fluorescent polarization assays indicate the specific interactions between SspA and σ70 region 4 confer its σ selectivity, thereby avoiding its interactions with σs or other alternative σ factors. In addition, results from in vitro transcription assays verify that SspA inhibits transcription probably through suppressing promoter escape. Together, the results here provide a foundation for understanding the unique physiological function of SspA in transcription regulation in bacteria.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:32785630 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.58 - 3.68 Å
構造データ

30307

7c97

EMDB-30307, PDB-7c97:
Cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo) with SspA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.68 Å

30376

7chw

EMDB-30376: Cryo-EM structure of anEscherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo)
PDB-7chw: Cryo-EM structure of an Escherichia coli RNAP-promoter open complex (RPo)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli (strain k12) (大腸菌)
キーワードTRANSFERASE/DNA / Stringent starvation protein A / RNA polymerase / promoter escape / zinc binding domain / GENE REGULATION / TRANSFERASE-DNA complex / TRANSCRIPTION/DNA / Transcription initiation complex / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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