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Structure paper

タイトルMechanism of ligand activation of a eukaryotic cyclic nucleotide-gated channel.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 7, Page 625-634, Year 2020
掲載日2020年6月1日
著者Xiangdong Zheng / Ziao Fu / Deyuan Su / Yuebin Zhang / Minghui Li / Yaping Pan / Huan Li / Shufang Li / Robert A Grassucci / Zhenning Ren / Zhengshan Hu / Xueming Li / Ming Zhou / Guohui Li / Joachim Frank / Jian Yang /
PubMed 要旨Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels convert cyclic nucleotide (CN) binding and unbinding into electrical signals in sensory receptors and neurons. The molecular conformational changes underpinning ...Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels convert cyclic nucleotide (CN) binding and unbinding into electrical signals in sensory receptors and neurons. The molecular conformational changes underpinning ligand activation are largely undefined. We report both closed- and open-state atomic cryo-EM structures of a full-length Caenorhabditis elegans cyclic GMP-activated channel TAX-4, reconstituted in lipid nanodiscs. These structures, together with computational and functional analyses and a mutant channel structure, reveal a double-barrier hydrophobic gate formed by two S6 amino acids in the central cavity. cGMP binding produces global conformational changes that open the cavity gate located ~52 Å away but do not alter the structure of the selectivity filter-the commonly presumed activation gate. Our work provides mechanistic insights into the allosteric gating and regulation of CN-gated and nucleotide-modulated channels and CNG channel-related channelopathies.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:32483338 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 2.7 Å
構造データ

21649

6wej

EMDB-21649, PDB-6wej:
Structure of cGMP-unbound WT TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

21650

6wek

EMDB-21650, PDB-6wek:
Structure of cGMP-bound WT TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

21651

6wel

EMDB-21651, PDB-6wel:
Structure of cGMP-unbound F403V/V407A mutant TAX-4 reconstituted in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

化合物

ChemComp-CPL:
1-PALMITOYL-2-LINOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-PX2:
1,2-DILAUROYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-PCG:
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP

由来
  • caenorhabditis elegans (センチュウ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channel / vision / olfaction / phototransduction / blindness / lipid nanodiscs / cyclic nucleotide-gated channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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