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Structure paper

タイトルStructural and functional characterization of the bestrophin-2 anion channel.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 27, Issue 4, Page 382-391, Year 2020
掲載日2020年4月6日
著者Aaron P Owji / Qingqing Zhao / Changyi Ji / Alec Kittredge / Austin Hopiavuori / Ziao Fu / Nancy Ward / Oliver B Clarke / Yin Shen / Yu Zhang / Wayne A Hendrickson / Tingting Yang /
PubMed 要旨The bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels, which mediate the influx and efflux of monovalent anions in response to the levels of intracellular Ca, comprises four members ...The bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels, which mediate the influx and efflux of monovalent anions in response to the levels of intracellular Ca, comprises four members in mammals (bestrophin 1-4). Here we report cryo-EM structures of bovine bestrophin-2 (bBest2) bound and unbound by Ca at 2.4- and 2.2-Å resolution, respectively. The bBest2 structure highlights four previously underappreciated pore-lining residues specifically conserved in Best2 but not in Best1, illustrating the differences between these paralogs. Structure-inspired electrophysiological analysis reveals that, although the channel is sensitive to Ca, it has substantial Ca-independent activity for Cl, reflecting the opening at the cytoplasmic restriction of the ion conducting pathway even when Ca is absent. Moreover, the ion selectivity of bBest2 is controlled by multiple residues, including those involved in gating.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:32251414 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.17 - 3.03 Å
構造データ

21430

6vx5

EMDB-21430, PDB-6vx5:
bestrophin-2 Ca2+- unbound state (250 nM Ca2+)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.03 Å

21431

6vx6

EMDB-21431, PDB-6vx6:
bestrophin-2 Ca2+-bound state (250 nM Ca2+)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

21432

6vx7

EMDB-21432, PDB-6vx7:
bestrophin-2 Ca2+-bound state (5 mM Ca2+)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.36 Å

21433

6vx8

EMDB-21433: bestrophin-2 (BEST2) calcium-unbound state 2 (EGTA only)
PDB-6vx8: bestrophin-2 Ca2+- unbound state 2 (EGTA only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.33 Å

21434

6vx9

EMDB-21434: Bestrophin-2 (BEST2) calcium-unbound state 1 (EGTA only)
PDB-6vx9: bestrophin-2 Ca2+- unbound state 1 (EGTA only)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.17 Å

化合物

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Chloride channel

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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