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Structure paper

タイトルArchitecture of the chromatin remodeler RSC and insights into its nucleosome engagement.
ジャーナル・号・ページElife, Vol. 8, Year 2019
掲載日2019年12月30日
著者Avinash B Patel / Camille M Moore / Basil J Greber / Jie Luo / Stefan A Zukin / Jeff Ranish / Eva Nogales /
PubMed 要旨Eukaryotic DNA is packaged into nucleosome arrays, which are repositioned by chromatin remodeling complexes to control DNA accessibility. The RSC (emodeling the tructure of hromatin) complex, a ...Eukaryotic DNA is packaged into nucleosome arrays, which are repositioned by chromatin remodeling complexes to control DNA accessibility. The RSC (emodeling the tructure of hromatin) complex, a member of the SWI/SNF chromatin remodeler family, plays critical roles in genome maintenance, transcription, and DNA repair. Here, we report cryo-electron microscopy (cryo-EM) and crosslinking mass spectrometry (CLMS) studies of yeast RSC complex and show that RSC is composed of a rigid tripartite core and two flexible lobes. The core structure is scaffolded by an asymmetric Rsc8 dimer and built with the evolutionarily conserved subunits Sfh1, Rsc6, Rsc9 and Sth1. The flexible ATPase lobe, composed of helicase subunit Sth1, Arp7, Arp9 and Rtt102, is anchored to this core by the N-terminus of Sth1. Our cryo-EM analysis of RSC bound to a nucleosome core particle shows that in addition to the expected nucleosome-Sth1 interactions, RSC engages histones and nucleosomal DNA through one arm of the core structure, composed of the Rsc8 SWIRM domains, Sfh1 and Npl6. Our findings provide structural insights into the conserved assembly process for all members of the SWI/SNF family of remodelers, and illustrate how RSC selects, engages, and remodels nucleosomes.
リンクElife / PubMed:31886770 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.96 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-21098:
arm lobe (multibody)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-21102:
RSC body (classified)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-21103:
RSC body (multibody)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

EMDB-21104:
RSC arm (classified)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-21105:
RSC head (multibody)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

EMDB-21106:
RSC body (classified)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

21107

6v8o

EMDB-21107, PDB-6v8o:
RSC core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

EMDB-21110:
RSC-NCP swiveled
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

21114

6v92

EMDB-21114: RSC-NCP locked
PDB-6v92: RSC-NCP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードGENE REGULATION / Chromatin remodeler / RSC / GENE REGULATION/DNA / GENE REGULATION-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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