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タイトルChemically Controlled Helical Polymorphism in Protein Tubes by Selective Modulation of Supramolecular Interactions.
ジャーナル・号・ページJ Am Chem Soc, Vol. 141, Issue 49, Page 19448-19457, Year 2019
掲載日2019年12月11日
著者Zhen Li / Shuyu Chen / Chendi Gao / Zhiwei Yang / Kuo-Chih Shih / Zdravko Kochovski / Guang Yang / Lu Gou / Mu-Ping Nieh / Ming Jiang / Lei Zhang / Guosong Chen /
PubMed 要旨Polymorphism has been the subject of investigation across different research disciplines. In biology, polymorphism could be interpreted in such a way that discrete biomacromolecules can adopt ...Polymorphism has been the subject of investigation across different research disciplines. In biology, polymorphism could be interpreted in such a way that discrete biomacromolecules can adopt diversiform specific conformations/packing arrangement, and this polymorph-dependent property is essential for many biochemical processes. For example, bacterial flagellar filament, composed of flagellin, switches between different supercoiled state allowing the bacteria to swim and tumble. However, in artificial supramolecular systems, it is often challenging to achieve polymorph control and prediction, and in most cases, two or more concomitant polymorphs of similar formation energies coexist. Here, we show that a tetrameric protein with properly oriented binding sites on its surface can arrange into diverse protein tubes with distinct helical parameters by adding specifically designed inducing ligands. We examined several parameters of the ligand that would influence the protein tube formation and found that the flexibility of the ligand linker and the dimerization pose of the ligand complex is critical for the successful production of the tubes and eventually influence the specific helical polymorphs of the formed tubes. A surface lattice accommodation model was further developed to rationalize the geometrical relationship between each helical tube type. Molecular simulation was used to elucidate the interactions between ligands and SBA and molecular basis for polymorphic switching of the protein tubes. Moreover, the kinetics of structural formation was studied and the ligand design was found that can affect the kinetics of the protein polymerization pathway. In short, our designed protein tubes serves as an enlightening system for understanding how a protein polymer composed of a single protein switches among different helical states.
リンクJ Am Chem Soc / PubMed:31710480
手法EM (らせん対称)
解像度7.8 - 13.1 Å
構造データ

EMDB-0735:
3-start helix structure of SBA/GN3P microtube with a diameter of about 16 nm
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.2 Å

EMDB-0736:
1-start helix structure of SBA/GN3GN microtube with a diameter of about 29 nm
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 10.9 Å

EMDB-0737:
2-start helix structure of SBA/GN3GN microtube with a diameter of about 29 nm
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 13.1 Å

EMDB-0738:
2-start helix structure of SBA/GN3GN microtube with a diameter of about 32 nm
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 8.8 Å

EMDB-0739:
3-start helix structure of SBA/GN3GN microtube with a diameter of about 32 nm
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 10.9 Å

EMDB-8065:
Soybean agglutinin(SBA) microtube
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 7.8 Å

由来
  • Glycine max (ダイズ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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