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Structure paper

タイトルCommon architecture of Tc toxins from human and insect pathogenic bacteria.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 5, Issue 10, Page eaax6497, Year 2019
掲載日2019年10月16日
著者F Leidreiter / D Roderer / D Meusch / C Gatsogiannis / R Benz / S Raunser /
PubMed 要旨Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution ...Tc toxins use a syringe-like mechanism to penetrate the membrane and translocate toxic enzymes into the host cytosol. They are composed of three components: TcA, TcB, and TcC. Low-resolution structures of TcAs from different bacteria suggest a considerable difference in their architecture and possibly in their mechanism of action. Here, we present high-resolution structures of five TcAs from insect and human pathogens, which show a similar overall composition and domain organization. Essential structural features, including a trefoil protein knot, are present in all TcAs, suggesting a common mechanism of action. All TcAs form functional pores and can be combined with TcB-TcC subunits from other species to form active chimeric holotoxins. We identified a conserved ionic pair that stabilizes the shell, likely operating as a strong latch that only springs open after destabilization of other regions. Our results provide new insights into the architecture and mechanism of the Tc toxin family.
リンクSci Adv / PubMed:31663026 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 4.0 Å
構造データ

10033

6rw6

EMDB-10033, PDB-6rw6:
Cryo-EM structure of Photorhabdus luminescens TcdA1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

10034

6rw8

EMDB-10034, PDB-6rw8:
Cryo-EM structure of Xenorhabdus nematophila XptA1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.84 Å

10035

6rw9

EMDB-10035, PDB-6rw9:
Cryo-EM structure of Morganella morganii TcdA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

10036

6rwa

EMDB-10036, PDB-6rwa:
Cryo-EM structure of Photorhabdus luminescens TcdA4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

10037

6rwb

EMDB-10037, PDB-6rwb:
Cryo-EM structure of Yersinia pseudotuberculosis TcaA-TcaB
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

由来
  • photorhabdus luminescens (バクテリア)
  • xenorhabdus nematophila (バクテリア)
  • morganella morganii subsp. morganii (バクテリア)
  • yersinia pseudotuberculosis (仮性結核菌)
キーワードTOXIN / membrane permeation / translocation / complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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