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タイトルArchitecture of African swine fever virus and implications for viral assembly.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 366, Issue 6465, Page 640-644, Year 2019
掲載日2019年11月1日
著者Nan Wang / Dongming Zhao / Jialing Wang / Yangling Zhang / Ming Wang / Yan Gao / Fang Li / Jingfei Wang / Zhigao Bu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
PubMed 要旨African swine fever virus (ASFV) is a giant and complex DNA virus that causes a highly contagious and often lethal swine disease for which no vaccine is available. Using an optimized image ...African swine fever virus (ASFV) is a giant and complex DNA virus that causes a highly contagious and often lethal swine disease for which no vaccine is available. Using an optimized image reconstruction strategy, we solved the ASFV capsid structure up to 4.1 angstroms, which is built from 17,280 proteins, including one major (p72) and four minor (M1249L, p17, p49, and H240R) capsid proteins organized into pentasymmetrons and trisymmetrons. The atomic structure of the p72 protein informs putative conformational epitopes, distinguishing ASFV from other nucleocytoplasmic large DNA viruses. The minor capsid proteins form a complicated network below the outer capsid shell, stabilizing the capsid by holding adjacent capsomers together. Acting as core organizers, 100-nanometer-long M1249L proteins run along each edge of the trisymmetrons that bridge two neighboring pentasymmetrons and form extensive intermolecular networks with other capsid proteins, driving the formation of the capsid framework. These structural details unveil the basis of capsid stability and assembly, opening up new avenues for African swine fever vaccine development.
リンクScience / PubMed:31624094
手法EM (単粒子)
解像度4.1 - 8.8 Å
構造データ

EMDB-0810:
Asymmetric unit of African Swine Fever virus capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-0811:
Edge block of African swine fever virus capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-0812:
Facet block of African Swine Fever virus capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

EMDB-0813:
Vertex block of African Swine Fever virus capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.1 Å

0814

6l2t

EMDB-0814, PDB-6l2t:
African swine fever virus major capsid protein p72
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-0815:
African Swine Fever Virus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.8 Å

由来
  • african swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / African Swine Fever virus capsomer / Trisymmetron / NCLDV

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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