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Structure paper

タイトルTubulin lattice in cilia is in a stressed form regulated by microtubule inner proteins.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 116, Issue 40, Page 19930-19938, Year 2019
掲載日2019年10月1日
著者Muneyoshi Ichikawa / Ahmad Abdelzaher Zaki Khalifa / Shintaroh Kubo / Daniel Dai / Kaustuv Basu / Mohammad Amin Faghfor Maghrebi / Javier Vargas / Khanh Huy Bui /
PubMed 要旨Cilia, the hair-like protrusions that beat at high frequencies to propel a cell or move fluid around are composed of radially bundled doublet microtubules. In this study, we present a near-atomic ...Cilia, the hair-like protrusions that beat at high frequencies to propel a cell or move fluid around are composed of radially bundled doublet microtubules. In this study, we present a near-atomic resolution map of the doublet microtubule by cryoelectron microscopy. The map demonstrates that the network of microtubule inner proteins weaves into the tubulin lattice and forms an inner sheath. From mass spectrometry data and de novo modeling, we identified Rib43a proteins as the filamentous microtubule inner proteins in the protofilament ribbon region. The Rib43a-tubulin interaction leads to an elongated tubulin dimer distance every 2 dimers. In addition, the tubulin lattice structure with missing microtubule inner proteins (MIPs) by sarkosyl treatment shows significant longitudinal compaction and lateral angle change between protofilaments. These results are evidence that the MIPs directly affect and stabilize the tubulin lattice. It suggests that the doublet microtubule is an intrinsically stressed filament and that this stress could be manipulated in the regulation of ciliary waveforms.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:31527277 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度4.16 - 4.9 Å
構造データ

20602

6u0h

6u0t

6u0u

EMDB-20602: Cryo-EM structure of the 48-nm repeat unit of the doublet microtubule from Tetrahymena thermophila
PDB-6u0h: Tubulin lattice of the ciliary doublet microtubule from Tetrahymena thermophila
PDB-6u0t: Protofilament Ribbon Flagellar Proteins Rib43a-S
PDB-6u0u: Protofilament Ribbon Flagellar Proteins Rib43a-L
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-20603:
Cryo-EM map of the A-tubule prepared by sonication
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-20606:
Cryo-EM map of the A-tubule prepared by 0.2% Sarkosyl treatment
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.9 Å

化合物

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • tetrahymena thermophila (真核生物)
  • tetrahymena thermophila (strain sb210) (真核生物)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / cilia / doublet / axoneme / microtubule inner protein / ribbon proteins

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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