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タイトルMechanism of DNA End Sensing and Processing by the Mre11-Rad50 Complex.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 76, Issue 3, Page 382-394.e6, Year 2019
掲載日2019年11月7日
著者Lisa Käshammer / Jan-Hinnerk Saathoff / Katja Lammens / Fabian Gut / Joseph Bartho / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Karl-Peter Hopfner /
PubMed 要旨DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability throughout life and are linked to tumorigenesis in humans. To initiate DSB repair by end joining or homologous recombination, the Mre11- ...DNA double-strand breaks (DSBs) threaten genome stability throughout life and are linked to tumorigenesis in humans. To initiate DSB repair by end joining or homologous recombination, the Mre11-nuclease Rad50-ATPase complex detects and processes diverse and obstructed DNA ends, but a structural mechanism is still lacking. Here we report cryo-EM structures of the E. coli Mre11-Rad50 homolog SbcCD in resting and DNA-bound cutting states. In the resting state, Mre11's nuclease is blocked by ATP-Rad50, and the Rad50 coiled coils appear flexible. Upon DNA binding, the two coiled coils zip up into a rod and, together with the Rad50 nucleotide-binding domains, form a clamp around dsDNA. Mre11 moves to the side of Rad50, binds the DNA end, and assembles a DNA cutting channel for the nuclease reactions. The structures reveal how Mre11-Rad50 can detect and process diverse DNA ends and uncover a clamping and gating function for the coiled coils.
リンクMol Cell / PubMed:31492634
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 15.6 Å
構造データ

10107

6s6v

EMDB-10107, PDB-6s6v:
Resting state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bound to ATPgS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-10114:
The E.coli Mre11-Rad50 complex (SbcCD) bound to ADP and dsDNA with the first coiled-coil interaction site
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-10115:
The E.coli Mre11-Rad50 complex bound to ADP and dsDNA with 200A visible coiled-coils
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

10116

6s85

EMDB-10116, PDB-6s85:
Cutting state of the E. coli Mre11-Rad50 (SbcCD) head complex bound to ADP and dsDNA.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

化合物

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Nuclease / DNA repair / ABC-type ATPase / DNA double-strand breaks

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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