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タイトルStructural insight into RNA synthesis by influenza D polymerase.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 4, Issue 10, Page 1750-1759, Year 2019
掲載日2019年6月17日
著者Qi Peng / Yuqian Liu / Ruchao Peng / Min Wang / Wei Yang / Hao Song / Yuhai Chen / Sheng Liu / Min Han / Xinzheng Zhang / Peiyi Wang / Jinghua Yan / Buchang Zhang / Jianxun Qi / Tao Deng / George F Gao / Yi Shi /
PubMed 要旨The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the ...The influenza virus polymerase uses capped RNA primers to initiate transcription, and a combination of terminal and internal de novo initiations for the two-step replication process by binding the conserved viral genomic RNA (vRNA) or complementary RNA (cRNA) promoter. Here, we determined the apo and promoter-bound influenza D polymerase structures using cryo-electron microscopy and found the polymerase has an evolutionarily conserved stable core structure with inherently flexible peripheral domains. Strikingly, two conformations (mode A and B) of the vRNA promoter were observed where the 3'-vRNA end can bind at two different sites, whereas the cRNA promoter only binds in the mode B conformation. Functional studies confirmed the critical role of the mode B conformation for vRNA synthesis via the intermediate cRNA but not for cRNA production, which is mainly regulated by the mode A conformation. Both conformations participate in the regulation of the transcription process. This work advances our understanding of the regulatory mechanisms for the synthesis of different RNA species by influenza virus polymerase and opens new opportunities for antiviral drug design.
リンクNat Microbiol / PubMed:31209309
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.6 Å
構造データ

9577

6kv5

EMDB-9577: structure of influenza D virus apo polymerase
PDB-6kv5: Structure of influenza D virus apo polymerase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

9578

6kuk

EMDB-9578, PDB-6kuk:
Structure of influenza D virus polymerase bound to vRNA promoter in mode A conformation (class A1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

9579

6kup

EMDB-9579, PDB-6kup:
Structure of influenza D virus polymerase bound to vRNA promoter in Mode A conformation(Class A2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

9580

6kut

EMDB-9580: structure of influenza D virus polymerase bound to vRNA promoter in Mode B conformation (Class B2)
PDB-6kut: Structure of influenza D virus polymerase bound to vRNA promoter in Mode B conformation (Class B2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

9581

6kur

EMDB-9581, PDB-6kur:
Structure of influenza D virus polymerase bound to vRNA promoter in Mode B conformation (Class B1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

9582

6kuu

EMDB-9582, PDB-6kuu:
Structure of influenza D virus polymerase bound to vRNA promoter in Mode B conformation (Class B3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

9887

6kuj

EMDB-9887, PDB-6kuj:
Structure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in class 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

9888

6kuv

EMDB-9888, PDB-6kuv:
Structure of influenza D virus polymerase bound to cRNA promoter in class 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

由来
  • Thogotovirus (ウイルス)
  • influenza d virus (d/swine/oklahoma/1334/2011) (インフルエンザウイルス)
  • Influenza D virus (インフルエンザウイルス)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードVIRAL PROTEIN/RNA / influenza D virus / polymerase / cryo-EM / VIRAL PROTEIN-RNA complex / RNA BINDING PROTEIN / VIRAL PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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