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タイトルStructures of the Catalytically Activated Yeast Spliceosome Reveal the Mechanism of Branching.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 177, Issue 2, Page 339-351.e13, Year 2019
掲載日2019年4月4日
著者Ruixue Wan / Rui Bai / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yigong Shi /
PubMed 要旨Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome. Structural characterization of the catalytically activated complex (B) is pivotal for understanding the branching reaction. In this study, we ...Pre-mRNA splicing is executed by the spliceosome. Structural characterization of the catalytically activated complex (B) is pivotal for understanding the branching reaction. In this study, we assembled the B complexes on two different pre-mRNAs from Saccharomyces cerevisiae and determined the cryo-EM structures of four distinct B complexes at overall resolutions of 2.9-3.8 Å. The duplex between U2 small nuclear RNA (snRNA) and the branch point sequence (BPS) is discretely away from the 5'-splice site (5'SS) in the three B complexes that are devoid of the step I splicing factors Yju2 and Cwc25. Recruitment of Yju2 into the active site brings the U2/BPS duplex into the vicinity of 5'SS, with the BPS nucleophile positioned 4 Å away from the catalytic metal M2. This analysis reveals the functional mechanism of Yju2 and Cwc25 in branching. These structures on different pre-mRNAs reveal substrate-specific conformations of the spliceosome in a major functional state.
リンクCell / PubMed:30879786
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.86 Å
構造データ

EMDB-0684:
Cryo-EM structure of the catalytic activated yeast spliceosome (B* complex) assembled on ACT1 pre-mRNA at 2.9 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-0685:
Cryo-EM structure of the catalytic activated yeast spliceosome (B* complex) assembled on UBC4 pre-mRNA at 3.2 angstrom resolution
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-0686, PDB-6j6g:
Cryo-EM structure of the yeast B*-a2 complex at an average resolution of 3.2 angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-0687, PDB-6j6h:
Cryo-EM structure of the yeast B*-a1 complex at an average resolution of 3.6 angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-0691, PDB-6j6n:
Cryo-EM structure of the yeast B*-b1 complex at an average resolution of 3.86 angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.86 Å

EMDB-0692, PDB-6j6q:
Cryo-EM structure of the yeast B*-b2 complex at an average resolution of 3.7 angstrom
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

化合物

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードSPLICING / spliceosme / B* complex / branching / snRNP / U snRNA / spliceosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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