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タイトルCryo-EM structure of the ASIC1a-mambalgin-1 complex reveals that the peptide toxin mambalgin-1 inhibits acid-sensing ion channels through an unusual allosteric effect.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 4, Page 27, Year 2018
掲載日2018年6月5日
著者Demeng Sun / You Yu / Xiaobin Xue / Man Pan / Ming Wen / Siyu Li / Qian Qu / Xiaorun Li / Longhua Zhang / Xueming Li / Lei Liu / Maojun Yang / Changlin Tian /
PubMed 要旨Acid-sensing ion channels (ASICs) are neuronal voltage-independent Na channels that are activated by extracellular acidification. ASICs play essential roles in a wide range of physiological ...Acid-sensing ion channels (ASICs) are neuronal voltage-independent Na channels that are activated by extracellular acidification. ASICs play essential roles in a wide range of physiological processes, including sodium homeostasis, synaptic plasticity, neurodegeneration, and sensory transduction. Mambalgins, a family of three-finger toxins isolated from black mamba venom, specifically inhibit ASICs to exert strong analgesic effects in vivo, thus are thought to have potential therapeutic values against pain. However, the interaction and inhibition mechanism of mambalgin on ASICs remains elusive. Here, we report a cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of chicken ASIC1a (cASIC1a) in complex with mambalgin-1 toxin at 5.4 Å resolution. Our structure provides the first experimental evidence that mambalgin-1 interacts directly with the extracellular thumb domain of cASIC1a, rather than inserting into the acid-sensing pocket, as previously reported. Binding of mambalgin-1 leads to relocation of the thumb domain that could disrupt the acidic pocket of cASIC1a, illustrating an unusual inhibition mechanism of toxins on ASIC channels through an allosteric effect. These findings establish a structural basis for the toxicity of the mambalgins, and provide crucial insights for the development of new optimized inhibitors of ASICs.
リンクCell Discov / PubMed:29872539 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度5.4 - 5.7 Å
構造データ

EMDB-6900:
cASIC+Mambalgin1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.4 Å

EMDB-7296:
cASIC+mambalgin1 with transmembrane domian
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

由来
  • Gallus gallus (ニワトリ)
  • Dendroaspis polylepis polylepis (コブラ)
  • Gallus gallus

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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