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Structure paper

タイトルCryo-electron microscopy structure of a human PRMT5:MEP50 complex.
ジャーナル・号・ページPLoS One, Vol. 13, Issue 3, Page e0193205, Year 2018
掲載日2018年3月8日
著者David E Timm / Valorie Bowman / Russell Madsen / Charles Rauch /
PubMed 要旨Protein arginine methyl transferase 5 (PRMT5) is a signaling protein and histone modifying enzyme that is important in many cellular processes, including regulation of eukaryotic gene transcription. ...Protein arginine methyl transferase 5 (PRMT5) is a signaling protein and histone modifying enzyme that is important in many cellular processes, including regulation of eukaryotic gene transcription. Reported here is a 3.7 Å structure of PRMT5, solved in complex with regulatory binding subunit MEP50 (methylosome associated protein 50, WDR77, p44), by single particle (SP) cryo-Electron Microscopy (cryo-EM) using micrographs of particles that are visibly crowded and aggregated. Despite suboptimal micrograph appearance, this cryo-EM structure is in good agreement with previously reported crystal structures of the complex, which revealed a 450 kDa hetero-octameric assembly having internal D2 symmetry. The catalytic PRMT5 subunits form a core tetramer and the MEP50 subunits are arranged peripherally in complex with the PRMT5 N-terminal domain. The cryo-EM reconstruction shows good side chain definition and shows a well-resolved peak for a bound dehydrosinefungin inhibitor molecule. These results demonstrate the applicability of cryo-EM in determining structures of human protein complexes of biomedical significance and suggests cryo-EM could be further utilized to understand PRMT5 interactions with other biologically important binding proteins and ligands.
リンクPLoS One / PubMed:29518110 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 Å
構造データ

EMDB-7137:
PRMT5:MEP50 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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