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タイトルIn Situ Structure of Neuronal C9orf72 Poly-GA Aggregates Reveals Proteasome Recruitment.
ジャーナル・号・ページCell, Vol. 172, Issue 4, Page 696-705.e12, Year 2018
掲載日2018年2月8日
著者Qiang Guo / Carina Lehmer / Antonio Martínez-Sánchez / Till Rudack / Florian Beck / Hannelore Hartmann / Manuela Pérez-Berlanga / Frédéric Frottin / Mark S Hipp / F Ulrich Hartl / Dieter Edbauer / Wolfgang Baumeister / Rubén Fernández-Busnadiego /
PubMed 要旨Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo- ...Protein aggregation and dysfunction of the ubiquitin-proteasome system are hallmarks of many neurodegenerative diseases. Here, we address the elusive link between these phenomena by employing cryo-electron tomography to dissect the molecular architecture of protein aggregates within intact neurons at high resolution. We focus on the poly-Gly-Ala (poly-GA) aggregates resulting from aberrant translation of an expanded GGGGCC repeat in C9orf72, the most common genetic cause of amyotrophic lateral sclerosis and frontotemporal dementia. We find that poly-GA aggregates consist of densely packed twisted ribbons that recruit numerous 26S proteasome complexes, while other macromolecules are largely excluded. Proximity to poly-GA ribbons stabilizes a transient substrate-processing conformation of the 26S proteasome, suggesting stalled degradation. Thus, poly-GA aggregates may compromise neuronal proteostasis by driving the accumulation and functional impairment of a large fraction of cellular proteasomes.
リンクCell / PubMed:29398115 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均) / EM (トモグラフィー)
解像度11.8 - 17.1 Å
構造データ

3913

6epc

EMDB-3913, PDB-6epc:
Ground state 26S proteasome (GS2)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.3 Å

3914

6epd

EMDB-3914, PDB-6epd:
Substrate processing state 26S proteasome (SPS1)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 15.4 Å

3915

6epe

EMDB-3915, PDB-6epe:
Substrate processing state 26S proteasome (SPS2)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 12.8 Å

3916

6epf

EMDB-3916, PDB-6epf:
Ground state 26S proteasome (GS1)
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 11.8 Å

EMDB-3917:
Rat TRiC structure
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 17.1 Å

EMDB-4191:
In situ cryo-electron tomogram from Rat neuron with C9ORF72 Poly-GA aggregates
手法: EM (トモグラフィー)

由来
  • rattus norvegicus (ドブネズミ)
キーワードHYDROLASE / UPS / Ground state / Neuron degeneration / Substrate processing state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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