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タイトルCryo-EM structures of the ATP-bound Vps4 hexamer and its complex with Vta1 at near-atomic resolution.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 8, Page 16064, Year 2017
掲載日2017年7月17日
著者Shan Sun / Lin Li / Fan Yang / Xiaojing Wang / Fenghui Fan / Mengyi Yang / Chunlai Chen / Xueming Li / Hong-Wei Wang / Sen-Fang Sui /
PubMed 要旨The cellular ESCRT-III (endosomal sorting complex required for transport-III) and Vps4 (vacuolar protein sorting 4) comprise a common machinery that mediates a variety of membrane remodelling events. ...The cellular ESCRT-III (endosomal sorting complex required for transport-III) and Vps4 (vacuolar protein sorting 4) comprise a common machinery that mediates a variety of membrane remodelling events. Vps4 is essential for the machinery function by using the energy from ATP hydrolysis to disassemble the ESCRT-III polymer into individual proteins. Here, we report the structures of the ATP-bound Vps4 hexamer and its complex with the cofactor Vta1 (vps twenty associated 1) at resolutions of 3.9 and 4.2 Å, respectively, determined by electron cryo-microscopy. Six Vps4 subunits in both assemblies exhibit a spiral-shaped ring-like arrangement. Locating at the periphery of the hexameric ring, Vta1 dimer bridges two adjacent Vps4 subunits by two different interaction modes to promote the formation of the active Vps4 hexamer during ESCRT-III filament disassembly. The structural findings, together with the structure-guided biochemical and single-molecule analyses, provide important insights into the process of the ESCRT-III polymer disassembly by Vps4.
リンクNat Commun / PubMed:28714467 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.9 - 4.25 Å
構造データ

6733

5xmi

EMDB-6733, PDB-5xmi:
Cryo-EM Structure of the ATP-bound VPS4 mutant-E233Q hexamer (masked)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

6734

5xmk

EMDB-6734, PDB-5xmk:
Cryo-EM structure of the ATP-bound Vps4 mutant-E233Q complex with Vta1 (masked)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.18 Å

EMDB-6735:
Cryo-EM structure of the ATP-bound VPS4 mutant-E233Q hexamer (unmasked)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.08 Å

EMDB-6736:
Cryo-EM structure of ATP-bound Vps4 mutant-E233Q complex with Vta1 (unmasked)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.25 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
  • Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ATPase / EESCRTIII / Vps4 / ESCRTIII / Vta1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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