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タイトルPolyhedral 3D structure of human plasma very low density lipoproteins by individual particle cryo-electron tomography1.
ジャーナル・号・ページJ Lipid Res, Vol. 57, Issue 10, Page 1879-1888, Year 2016
掲載日2016年8月18日
著者Yadong Yu / Yu-Lin Kuang / Dongsheng Lei / Xiaobo Zhai / Meng Zhang / Ronald M Krauss / Gang Ren /
PubMed 要旨Human VLDLs assembled in the liver and secreted into the circulation supply energy to peripheral tissues. VLDL lipolysis yields atherogenic LDLs and VLDL remnants that strongly correlate with CVD. ...Human VLDLs assembled in the liver and secreted into the circulation supply energy to peripheral tissues. VLDL lipolysis yields atherogenic LDLs and VLDL remnants that strongly correlate with CVD. Although the composition of VLDL particles has been well-characterized, their 3D structure is elusive because of their variations in size, heterogeneity in composition, structural flexibility, and mobility in solution. Here, we employed cryo-electron microscopy and individual-particle electron tomography to study the 3D structure of individual VLDL particles (without averaging) at both below and above their lipid phase transition temperatures. The 3D reconstructions of VLDL and VLDL bound to antibodies revealed an unexpected polyhedral shape, in contrast to the generally accepted model of a spherical emulsion-like particle. The smaller curvature of surface lipids compared with HDL may also reduce surface hydrophobicity, resulting in lower binding affinity to the hydrophobic distal end of the N-terminal β-barrel domain of cholesteryl ester transfer protein (CETP) compared with HDL. The directional binding of CETP to HDL and VLDL may explain the function of CETP in transferring TGs and cholesteryl esters between these particles. This first visualization of the 3D structure of VLDL could improve our understanding of the role of VLDL in atherogenesis.
リンクJ Lipid Res / PubMed:27538822 / PubMed Central
手法EM (トモグラフィー)
解像度50.0 - 80.0 Å
構造データ

EMDB-8042:
Electron tomographic structure of an individual human plasma VLDL particle (No.001)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8043:
Electron tomographic structure of an individual human plasma VLDL particle (No.002)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8044:
Electron tomographic structure of an individual human plasma VLDL particle (No.003)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8045:
Electron tomographic structure of an individual human plasma VLDL particle (No.004)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8046:
Electron tomographic structure of an individual human plasma VLDL particle (No.005)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8047:
Electron tomographic structure of an individual human plasma VLDL particle (No.006)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 50.0 Å

EMDB-8048:
Electron tomographic structure of a human plasma VLDL particle in complex with monoclonal antibody mAB012 (No.001)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 80.0 Å

EMDB-8049:
Electron tomographic structure of a human plasma VLDL particle in complex with monoclonal antibody mAB012 (No.002)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 80.0 Å

EMDB-8050:
Electron tomographic structure of a human plasma VLDL particle in complex with monoclonal antibody mAB012 (No.003)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 80.0 Å

EMDB-8051:
Electron tomographic structure of a human plasma VLDL particle in complex with monoclonal antibody mAB012 (No.004)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 80.0 Å

EMDB-8052:
Electron tomographic structure of a human plasma VLDL particle in complex with monoclonal antibody mAB012 (No.005)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 80.0 Å

EMDB-8053:
Electron tomographic structure of a human plasma VLDL particle in complex with monoclonal antibody mAB012 (No.006)
手法: EM (トモグラフィー) / 解像度: 80.0 Å

由来
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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