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タイトルCargo-shell and cargo-cargo couplings govern the mechanics of artificially loaded virus-derived cages.
ジャーナル・号・ページNanoscale, Vol. 8, Issue 17, Page 9328-9336, Year 2016
掲載日2016年4月28日
著者Aida Llauró / Daniel Luque / Ethan Edwards / Benes L Trus / John Avera / David Reguera / Trevor Douglas / Pedro J de Pablo / José R Castón /
PubMed 要旨Nucleic acids are the natural cargo of viruses and key determinants that affect viral shell stability. In some cases the genome structurally reinforces the shell, whereas in others genome packaging ...Nucleic acids are the natural cargo of viruses and key determinants that affect viral shell stability. In some cases the genome structurally reinforces the shell, whereas in others genome packaging causes internal pressure that can induce destabilization. Although it is possible to pack heterologous cargoes inside virus-derived shells, little is known about the physical determinants of these artificial nanocontainers' stability. Atomic force and three-dimensional cryo-electron microscopy provided mechanical and structural information about the physical mechanisms of viral cage stabilization beyond the mere presence/absence of cargos. We analyzed the effects of cargo-shell and cargo-cargo interactions on shell stability after encapsulating two types of proteinaceous payloads. While bound cargo to the inner capsid surface mechanically reinforced the capsid in a structural manner, unbound cargo diffusing freely within the shell cavity pressurized the cages up to ∼30 atm due to steric effects. Strong cargo-cargo coupling reduces the resilience of these nanocompartments in ∼20% when bound to the shell. Understanding the stability of artificially loaded nanocages will help to design more robust and durable molecular nanocontainers.
リンクNanoscale / PubMed:27091107 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度12.6 - 16.7 Å
構造データ

EMDB-3171:
P22 bacteriophage Empty Procapsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 12.6 Å

EMDB-3172:
P22 bacteriophage GFP-loaded Procapsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 16.7 Å

EMDB-3173:
P22 bacteriophage CellB-loaded Procapsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.3 Å

EMDB-3174:
P22 bacteriophage Empty Expanded Capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.5 Å

EMDB-3175:
P22 bacteriophage GFP-loaded Expanded Capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.7 Å

EMDB-3176:
P22 bacteriophage CellB-loaded Expanded Capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.0 Å

EMDB-3177:
Tetramer CellB fused to Cterm of P22 Scafold protein
手法: EM (単粒子) / 解像度: 14.5 Å

由来
  • unidentified (未定義)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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