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タイトルCryo-electron Microscopy Structures of Chimeric Hemagglutinin Displayed on a Universal Influenza Vaccine Candidate.
ジャーナル・号・ページmBio, Vol. 7, Issue 2, Page e00257, Year 2016
掲載日2016年3月22日
著者Erin E H Tran / Kira A Podolsky / Alberto Bartesaghi / Oleg Kuybeda / Giovanna Grandinetti / Teddy John Wohlbold / Gene S Tan / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Florian Krammer / Sriram Subramaniam /
PubMed 要旨Influenza viruses expressing chimeric hemagglutinins (HAs) are important tools in the quest for a universal vaccine. Using cryo-electron tomography, we have determined the structures of a chimeric HA ...Influenza viruses expressing chimeric hemagglutinins (HAs) are important tools in the quest for a universal vaccine. Using cryo-electron tomography, we have determined the structures of a chimeric HA variant that comprises an H1 stalk and an H5 globular head domain (cH5/1 HA) in native and antibody-bound states. We show that cH5/1 HA is structurally different from native HA, displaying a 60° rotation between the stalk and head groups, leading to a novel and unexpected "open" arrangement of HA trimers. cH5/1N1 viruses also display higher glycoprotein density than pH1N1 or H5N1 viruses, but despite these differences, antibodies that target either the stalk or head domains of hemagglutinins still bind to cH5/1 HA with the same consequences as those observed with native H1 or H5 HA. Our results show that a large range of structural plasticity can be tolerated in the chimeric spike scaffold without disrupting structural and geometric aspects of antibody binding.
IMPORTANCE: Chimeric hemagglutinin proteins are set to undergo human clinical trials as a universal influenza vaccine candidate, yet no structural information for these proteins is available. Using cryo-electron tomography, we report the first three-dimensional (3D) visualization of chimeric hemagglutinin proteins displayed on the surface of the influenza virus. We show that, unexpectedly, the chimeric hemagglutinin structure differs from those of naturally occurring hemagglutinins by displaying a more open head domain and a dramatically twisted head/stalk arrangement. Despite this unusual spatial relationship between head and stalk regions, virus preparations expressing the chimeric hemagglutinin are fully infectious and display a high glycoprotein density, which likely helps induction of a broadly protective immune response.
リンクmBio / PubMed:27006464 / PubMed Central
手法EM (サブトモグラム平均)
解像度25.0 Å
構造データ

EMDB-6607:
Cryo-electron microscopy structure of influenza H1 hemagglutinin expressed on the viral surface
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-6608:
Cryo-electron microscopy structure of chimeric influenza cH5/1 hemagglutinin expressed on the viral surface
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-6609:
Cryo-electron microscopy structure of influenza H5 hemagglutinin expressed on the viral surface
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-6610:
Cryo-electron microscopy structure of influenza H1 hemagglutinin bound to stalk-targeting antibody, 6F12
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-6611:
Cryo-electron microscopy structure of chimeric influenza cH5/1 hemagglutinin bound to stalk-targeting antibody, 6F12
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-6612:
Cryo-electron microscopy structure of influenza H1 hemagglutinin bound to head-targeting antibody, 7B2
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-6613:
Cryo-electron microscopy structure of chimeric influenza cH5/1 hemagglutinin bound to head-targeting antibody, 3F5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

EMDB-6614:
Cryo-electron microscopy structure of influenza H5 hemagglutinin bound to head-targeting antibody, 3F5
手法: EM (サブトモグラム平均) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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