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タイトルCleavage-independent HIV-1 Env trimers engineered as soluble native spike mimetics for vaccine design.
ジャーナル・号・ページCell Rep, Vol. 11, Issue 4, Page 539-550, Year 2015
掲載日2015年4月28日
著者Shailendra Kumar Sharma / Natalia de Val / Shridhar Bale / Javier Guenaga / Karen Tran / Yu Feng / Viktoriya Dubrovskaya / Andrew B Ward / Richard T Wyatt /
PubMed 要旨Viral glycoproteins mediate entry by pH-activated or receptor-engaged activation and exist in metastable pre-fusogenic states that may be stabilized by directed rational design. As recently reported, ...Viral glycoproteins mediate entry by pH-activated or receptor-engaged activation and exist in metastable pre-fusogenic states that may be stabilized by directed rational design. As recently reported, the conformationally fixed HIV-1 envelope glycoprotein (Env) trimers in the pre-fusion state (SOSIP) display molecular homogeneity and structural integrity at relatively high levels of resolution. However, the SOSIPs necessitate full Env precursor cleavage, which requires endogenous furin overexpression. Here, we developed an alternative strategy using flexible peptide covalent linkage of Env subdomains to produce soluble, homogeneous, and cleavage-independent Env mimics, called native flexibly linked (NFL) trimers, as vaccine candidates. This simplified design avoids the need for furin co-expression and, in one case, antibody affinity purification to accelerate trimer scale-up for preclinical and clinical applications. We have successfully translated the NFL design to multiple HIV-1 subtypes, establishing the potential to become a general method of producing native-like, well-ordered Env trimers for HIV-1 or other viruses.
リンクCell Rep / PubMed:25892233 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度17.0 - 23.0 Å
構造データ

EMDB-6293:
JRFL gp140 NFL2P unliganded
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-6294:
Bg505 gp140 NFL2P unliganded
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-6295:
JRFL gp140 NFL2P liganded to PGV04
手法: EM (単粒子) / 解像度: 22.0 Å

EMDB-6296:
Bg505 gp140 NFL2P liganded to PGV04
手法: EM (単粒子) / 解像度: 17.0 Å

EMDB-6297:
JRFL gp140 NFL2 liganded to 2G12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-6298:
Bg505 gp140 NFL liganded to 2G12
手法: EM (単粒子) / 解像度: 23.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • Homo sapiens (ヒト)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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