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タイトルBroad and potent HIV-1 neutralization by a human antibody that binds the gp41-gp120 interface.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 515, Issue 7525, Page 138-142, Year 2014
掲載日2014年11月6日
著者Jinghe Huang / Byong H Kang / Marie Pancera / Jeong Hyun Lee / Tommy Tong / Yu Feng / Hiromi Imamichi / Ivelin S Georgiev / Gwo-Yu Chuang / Aliaksandr Druz / Nicole A Doria-Rose / Leo Laub / Kwinten Sliepen / Marit J van Gils / Alba Torrents de la Peña / Ronald Derking / Per-Johan Klasse / Stephen A Migueles / Robert T Bailer / Munir Alam / Pavel Pugach / Barton F Haynes / Richard T Wyatt / Rogier W Sanders / James M Binley / Andrew B Ward / John R Mascola / Peter D Kwong / Mark Connors /
PubMed 要旨The isolation of human monoclonal antibodies is providing important insights into the specificities that underlie broad neutralization of HIV-1 (reviewed in ref. 1). Here we report a broad and ...The isolation of human monoclonal antibodies is providing important insights into the specificities that underlie broad neutralization of HIV-1 (reviewed in ref. 1). Here we report a broad and extremely potent HIV-specific monoclonal antibody, termed 35O22, which binds a novel HIV-1 envelope glycoprotein (Env) epitope. 35O22 neutralized 62% of 181 pseudoviruses with a half-maximum inhibitory concentration (IC50) <50 μg ml(-1). The median IC50 of neutralized viruses was 0.033 μg ml(-1), among the most potent thus far described. 35O22 did not bind monomeric forms of Env tested, but did bind the trimeric BG505 SOSIP.664. Mutagenesis and a reconstruction by negative-stain electron microscopy of the Fab in complex with trimer revealed that it bound to a conserved epitope, which stretched across gp120 and gp41. The specificity of 35O22 represents a novel site of vulnerability on HIV Env, which serum analysis indicates to be commonly elicited by natural infection. Binding to this new site of vulnerability may thus be an important complement to current monoclonal-antibody-based approaches to immunotherapies, prophylaxis and vaccine design.
リンクNature / PubMed:25186731 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.551 - 19.0 Å
構造データ

EMDB-2672:
35O22 Fab in complex with BG505 SOSIP.664 Trimer
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

PDB-4toy:
Structure of 35O22 Fab, a HIV-1 neutralizing antibody
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.551 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV-1 / antibody / Fab / neutralizing

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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