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タイトルCryo-electron microscopy three-dimensional structure of the jumbo phage ΦRSL1 infecting the phytopathogen Ralstonia solanacearum.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 21, Issue 2, Page 298-305, Year 2013
掲載日2013年2月5日
著者Grégory Effantin / Ryosuke Hamasaki / Takeru Kawasaki / Maria Bacia / Christine Moriscot / Winfried Weissenhorn / Takashi Yamada / Guy Schoehn /
PubMed 要旨ϕRSL1 jumbo phage belongs to a new class of viruses within the Myoviridae family. Here, we report its three-dimensional structure determined by electron cryo microscopy. The icosahedral capsid, the ...ϕRSL1 jumbo phage belongs to a new class of viruses within the Myoviridae family. Here, we report its three-dimensional structure determined by electron cryo microscopy. The icosahedral capsid, the tail helical portion, and the complete tail appendage were reconstructed separately to resolutions of 9 Å, 9 Å, and 28 Å, respectively. The head is rather complex and formed by at least five different proteins, whereas the major capsid proteins resemble those from HK97, despite low sequence conservation. The helical tail structure demonstrates its close relationship to T4 sheath proteins and provides evidence for an evolutionary link of the inner tail tube to the bacterial type VI secretion apparatus. Long fibers extend from the collar region, and their length is consistent with reaching the host cell surface upon tail contraction. Our structural analyses indicate that ϕRSL1 is an unusual member of the Myoviridae that employs conserved protein machines related to different phages and bacteria.
リンクStructure / PubMed:23394943
手法EM (単粒子) / EM (らせん対称)
解像度9.5 - 28.0 Å
構造データ

EMDB-2243:
Cryo-electron microscopy of phirsl1 jumbo phage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.5 Å

EMDB-2244:
Cryo-electron microscopy of phirsl1 jumbo phage
手法: EM (らせん対称) / 解像度: 9.6 Å

EMDB-2245:
Cryo-electron microscopy of phirsl1 jumbo phage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 28.0 Å

EMDB-2246:
Cryo-electron microscopy of phirsl1 jumbo phage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 21.0 Å

EMDB-2247:
Cryo-electron microscopy of phirsl1 jumbo phage
手法: EM (単粒子) / 解像度: 25.0 Å

由来
  • Ralstonia phage RSL1 (ファージ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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