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Structure paper

タイトルQuaternary structures of HIV Env immunogen exhibit conformational vicissitudes and interface diminution elicited by ligand binding.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 108, Issue 15, Page 6091-6096, Year 2011
掲載日2011年4月12日
著者Carlos G Moscoso / Yide Sun / Selina Poon / Li Xing / Elaine Kan / Loïc Martin / Dominik Green / Frank Lin / Anders G Vahlne / Susan Barnett / Indresh Srivastava / R Holland Cheng /
PubMed 要旨The human immunodeficiency virus envelope protein is the key element mediating entry into host cells. Conformational rearrangement of Env upon binding to the host CD4 receptor and chemokine ...The human immunodeficiency virus envelope protein is the key element mediating entry into host cells. Conformational rearrangement of Env upon binding to the host CD4 receptor and chemokine coreceptor drives membrane fusion. We elucidated the quaternary arrangement of the soluble Env trimeric immunogen o-gp140ΔV2TV1, in both its native (unliganded) and CD4-induced (liganded) states by cryoelectron microscopy and molecular modeling. The liganded conformation was elicited by binding gp140 to the synthetic CD4-mimicking miniprotein CD4m. Upon CD4m binding, an outward domain shift of the three gp120 subunits diminishes gp120-gp41 interactions, whereas a "flat open" concave trimer apex is observed consequent to gp120 tilting away from threefold axis, likely juxtaposing the fusion peptide with the host membrane. Additional features observed in the liganded conformation include rotations of individual gp120 subunits that may release gp41 for N- and C-helix refolding and also may lead to optimal exposure of the elicited coreceptor binding site. Such quaternary arrangements of gp140 lead to the metastable liganded conformation, with putative locations of exposed epitopes contributing to a description of sequential events occurring prior to membrane fusion. Our observations imply a mechanism whereby a soluble Env trimeric construct, as opposed to trimers extracted from virions, may better expose crucial epitopes such as the CD4 binding site and V3, as well as epitopes in the vicinity of gp41, subsequent to conjugation with CD4m. Structural features gleaned from our studies should aid the design of Env-based immunogens for inducement of potent broadly neutralizing antibodies against exposed conformational epitopes.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:21444771 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度13.0 - 19.0 Å
構造データ

EMDB-5263:
Quaternary structures of HIV Env immunogen exhibit conformational vicissitudes and interface diminution elicited by ligand binding
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.0 Å

EMDB-5264:
Quaternary structures of HIV Env immunogen exhibit conformational vicissitudes and interface diminution elicited by ligand binding
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.0 Å

由来
  • Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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