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タイトルSelf-chaperoning of the type III secretion system needle tip proteins IpaD and BipD.
ジャーナル・号・ページJ Biol Chem, Vol. 282, Issue 6, Page 4035-4044, Year 2007
掲載日2007年2月9日
著者Steven Johnson / Pietro Roversi / Marianela Espina / Andrew Olive / Janet E Deane / Susan Birket / Terry Field / William D Picking / Ariel J Blocker / Edouard E Galyov / Wendy L Picking / Susan M Lea /
PubMed 要旨Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. ...Bacteria expressing type III secretion systems (T3SS) have been responsible for the deaths of millions worldwide, acting as key virulence elements in diseases ranging from plague to typhoid fever. The T3SS is composed of a basal body, which traverses both bacterial membranes, and an external needle through which effector proteins are secreted. We report multiple crystal structures of two proteins that sit at the tip of the needle and are essential for virulence: IpaD from Shigella flexneri and BipD from Burkholderia pseudomallei. The structures reveal that the N-terminal domains of the molecules are intramolecular chaperones that prevent premature oligomerization, as well as sharing structural homology with proteins involved in eukaryotic actin rearrangement. Crystal packing has allowed us to construct a model for the tip complex that is supported by mutations designed using the structure.
リンクJ Biol Chem / PubMed:17077085 / PubMed Central
手法X線回折
解像度2.1 - 3.1 Å
構造データ

PDB-2ixr:
BipD of Burkholderia Pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.6 Å

PDB-2j0n:
A proteolytically truncated form of Shigella Flexneri IpaD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-2j0o:
Shigella Flexneri IpaD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.0 Å

PDB-2j9t:
BipD of Burkholderia Pseudomallei
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.7 Å

PDB-2jaa:
SeMet substituted Shigella Flexneri Ipad
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-BO3:
BORIC ACID / ほう酸

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト

由来
  • burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
  • shigella flexneri 2a str. 301 (フレクスナー赤痢菌)
  • shigella flexneri (フレクスナー赤痢菌)
キーワードTOXIN / BURKHOLDERIA PSEUDOMALLEI / BIPD / TTSS / T3SS / TYPE 3 SECRETION SYSTEM / CELL INVASION / IPAD / PLASMID / VIRULENCE / SHIGELLA FLEXNERI / TYPE III SECRETION / INVASIN / SEMET

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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