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タイトルStructural basis of family-wide Rab GTPase recognition by rabenosyn-5.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 436, Page 415-419, Year 2005
掲載日2005年2月13日 (構造データの登録日)
著者Eathiraj, S. / Pan, X. / Ritacco, C. / Lambright, D.G.
リンクNature / PubMed:16034420
手法X線回折
解像度1.32 - 2.5 Å
構造データ

PDB-1yu9:
GppNHp-Bound Rab4A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.07 Å

PDB-1yvd:
GppNHp-Bound Rab22 GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.93 Å

PDB-1yzk:
GppNHp bound Rab11 GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2 Å

PDB-1yzl:
GppNHp-Bound Rab9 GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-1yzm:
Structure of Rabenosyn (458-503), Rab4 binding domain
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-1yzn:
GppNHp-Bound Ypt1p GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-1yzq:
GppNHp-Bound Rab6 GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-1yzt:
GppNHp-Bound Rab21 GTPase at 2.05 A Resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.05 Å

PDB-1yzu:
GppNHp-Bound Rab21 GTPase at 2.50 A Resolution
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-1z06:
GppNHp-Bound Rab33 GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-1z07:
GppNHp-Bound Rab5c G55Q mutant GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-1z08:
GppNHp-Bound Rab21 Q53G mutant GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-1z0a:
GDP-Bound Rab2A GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.12 Å

PDB-1z0d:
GDP-Bound Rab5c GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

PDB-1z0f:
GDP-Bound Rab14 GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-1z0i:
GDP-Bound Rab21 GTPase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.33 Å

PDB-1z0j:
Structure of GTP-Bound Rab22Q64L GTPase in complex with the minimal Rab binding domain of Rabenosyn-5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-1z0k:
Structure of GTP-Bound Rab4Q67L GTPase in complex with the central Rab binding domain of Rabenosyn-5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-1z22:
GDP-Bound Rab23 GTPase crystallized in C222(1) space group
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.06 Å

PDB-1z2a:
GDP-Bound Rab23 GTPase crystallized in P2(1)2(1)2(1) space group
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-MES:
2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸 / pH緩衝剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Rab GTPase / Rab4 / vesicular trafficking / Rab22 / Rab11 / Rab9 / Rab Effector / Rabenosyn / Ypt1p GTPase / Rab6 / Rab21 / Rab33b GTPase / Rab5 / Rab2 / Rab5c / Rab14 / Rab22 GTPase / Endosomal trafficking / Rab GTPases / effector complex / Rab23 / Vesicular transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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