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- EMDB-8543: 3D negative stain EM structure of Pom152, the major component of ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8543
タイトル3D negative stain EM structure of Pom152, the major component of the membrane ring of the nuclear pore complex
マップデータ3D negative stain EM structure of Pom152
試料
  • 細胞: Nucleoporin Pom152
    • タンパク質・ペプチド: Pom152
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore transmembrane ring / spindle pole body duplication / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear envelope lumen / mRNA transport / 核膜孔 / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery ...nuclear pore transmembrane ring / spindle pole body duplication / nuclear pore organization / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / nuclear envelope lumen / mRNA transport / 核膜孔 / protein-membrane adaptor activity / nuclear periphery / cell periphery / protein import into nucleus / 核膜 / 核膜 / ミトコンドリア
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin POM152
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Upla P / Kim SJ / Sampathkumar P / Dutta K / Cahill SM / Chemmama IE / Williams R / Bonanno JB / Rice WJ / Stokes DL ...Upla P / Kim SJ / Sampathkumar P / Dutta K / Cahill SM / Chemmama IE / Williams R / Bonanno JB / Rice WJ / Stokes DL / Cowburn D / Almo SC / Sali A / Rout MP / Fernandez-Martinez J
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM109824 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: Molecular Architecture of the Major Membrane Ring Component of the Nuclear Pore Complex.
著者: Paula Upla / Seung Joong Kim / Parthasarathy Sampathkumar / Kaushik Dutta / Sean M Cahill / Ilan E Chemmama / Rosemary Williams / Jeffrey B Bonanno / William J Rice / David L Stokes / David ...著者: Paula Upla / Seung Joong Kim / Parthasarathy Sampathkumar / Kaushik Dutta / Sean M Cahill / Ilan E Chemmama / Rosemary Williams / Jeffrey B Bonanno / William J Rice / David L Stokes / David Cowburn / Steven C Almo / Andrej Sali / Michael P Rout / Javier Fernandez-Martinez /
要旨: The membrane ring that equatorially circumscribes the nuclear pore complex (NPC) in the perinuclear lumen of the nuclear envelope is composed largely of Pom152 in yeast and its ortholog Nup210 (or ...The membrane ring that equatorially circumscribes the nuclear pore complex (NPC) in the perinuclear lumen of the nuclear envelope is composed largely of Pom152 in yeast and its ortholog Nup210 (or Gp210) in vertebrates. Here, we have used a combination of negative-stain electron microscopy, nuclear magnetic resonance, and small-angle X-ray scattering methods to determine an integrative structure of the ∼120 kDa luminal domain of Pom152. Our structural analysis reveals that the luminal domain is formed by a flexible string-of-pearls arrangement of nine repetitive cadherin-like Ig-like domains, indicating an evolutionary connection between NPCs and the cell adhesion machinery. The 16 copies of Pom152 known to be present in the yeast NPC are long enough to form the observed membrane ring, suggesting how interactions between Pom152 molecules help establish and maintain the NPC architecture.
履歴
登録2017年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年2月22日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0526
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0526
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8543.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D negative stain EM structure of Pom152
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.93 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0526 / ムービー #1: 0.0526
最小 - 最大-0.07503664 - 0.16586128
平均 (標準偏差)0.0000697932 (±0.006220026)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 527.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.932.932.93
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z527.400527.400527.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0750.1660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Nucleoporin Pom152

全体名称: Nucleoporin Pom152
要素
  • 細胞: Nucleoporin Pom152
    • タンパク質・ペプチド: Pom152

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超分子 #1: Nucleoporin Pom152

超分子名称: Nucleoporin Pom152 / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Pom152

分子名称: Pom152 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MEHRYNVFND TPRGNHWMGS SVSGSPRPSY SSRPNVNTTR RFQYSDDEPA EKIRPLRSRS FKSTESNIS DEKSRISERD SKDRYINGDK KVDIYSLPLI STDVLEISKQ RTFAVILFLI I QCYKIYDL VILKSGLPLS GLLFKNYRFN FISKYFIIDS FFLYVLPSFN ...文字列:
MEHRYNVFND TPRGNHWMGS SVSGSPRPSY SSRPNVNTTR RFQYSDDEPA EKIRPLRSRS FKSTESNIS DEKSRISERD SKDRYINGDK KVDIYSLPLI STDVLEISKQ RTFAVILFLI I QCYKIYDL VILKSGLPLS GLLFKNYRFN FISKYFIIDS FFLYVLPSFN IPRLTFKPWV VY LQILAML LLNIFISSDH EFVLISLIMT TWRKLYTKEL SVTGSAINHH RIFDSSAHFK GAL TIKILP ENTAMFNPLH ESYCLPMDTN LFKINSIDVP IRINSTEEIE YIELEYRDLY TNSV ELRSL SKKDFKIIDN PKSFLKKDQS VLKSHSNDFE EGSTIRYLAV TLQDIGFYQI KKIVD SKKL NLKIHQSHLV VPYCPIASIT GTGSNDRCIG DSDNVSFEIQ GVPPMKLAYS KIVNGQ TFS YVDSSLQPEY FESPLQSSKS KQSFTQGELN DLKWGRNQPV NINLDSSITQ DGKFAYK ID KITDGLGNVV DFTSLPEELK KRYDLSYNFN VHEVPRAALE ERFDPKSPTK RSIAIVFE E IKNWISDIPY VISLSYTDAQ DKSKKIMNVT TDSLTKVLQA DLPGSYNLEY IESKFCPGE IVGKSNVLVT MPVAPTMEVK SFPILDQCVG QVGLNFELSF TGAPPYYYNT KIYKLENGER KLYDAKRYT SEGTRNRFSY SPPKEGNYEI VFDTVSNKLF TEPIKLEPVK EYTFKTSMRV K PSASLKLH HDLKLCLGDH SSVPVALKGQ GPFTLTYDII ETFSSKRKTF EIKEIKTNEY VI KTPVFTT GGDYILSLVS IKDSTGCVVG LSQPDAKIQV RRDIPSAAFN FFEPIKEAKI KHG SVTEIP LKLSGEGPFT VKFKHMDYDG NIVKEFENKF QNSYKPALKV SKEGLYQLVD IRDS SCQGN VIYRNSLYKV SFLEKPKFAI QDNHHITKVT ENLFSKEEVC QGMEGTVDLA LFGSP PFIL EYDLMAPNGH ISTKKIQVAT KYASLKLPNQ IPGEYITTIK AIFDGNYGES DIHFRE HQS ELIIKQTVHP IPDVAFADGG KTLRACAANV DQISFLEPIN LKFLQGESPF SITFSVY HE STSRTDQYTI DNIDSENFSF EKLYEGMKLG NHAITIDSVV DANGCVNSLI SGPRNQIL V SITDAPKIHI LDPSTEYCVG DYVAYQLNGV APFMIKYEFN GIPLKSKERS SQFVRLASE PGIISITSLQ DSSSQCIVDF TNPKLKSEFD DLSLNIHPIP SVTVSQGNYV TEDIREGDQA EVIFSFEGT PPFSLTYVRT EETDGKHGKR RSQVVETHKV TDIYSHEYKV ITSLQGTYEA I EITDAYCF AKNDLFFNN

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHepesHepes
300.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
0.01 %Tween-20Polyethylene glycol sorbitan monolaurate
2.0 mMMgCl2Magnesium chloride
0.1 mMDTTDithiothreitolジチオトレイトール
PICProtease inhibitor cocktail

詳細: Solutions were made fresh from concentrated, and sterile filtered.
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl formate
詳細: 3 ul of protein was added to grids. The excess sample was blotted and the grid washed several times with water. The sample was stained with several drops of uranyl formate, blotted between ...詳細: 3 ul of protein was added to grids. The excess sample was blotted and the grid washed several times with water. The sample was stained with several drops of uranyl formate, blotted between each stain. After the last staining (30 sec), the sample was blotted and air dried.
グリッドモデル: Electron Microscopy Sciences / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER
詳細The endogenous sample was purified using affinity tags, then natively eluted and isolated on a 5-20% sucrose gradient. Fractions identified by SDS-PAGE and mass spectrometry.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100F
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 40.0 µm / 倍率（補正後）: 81911 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F224 (2k x 2k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1220 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 15.0 e/Å2
詳細: Images were collected at tilt angles 0 and 40 degrees

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画像解析

粒子像選択選択した数: 16826
詳細: Number of particles includes 8413 untilted and 8413 tilted particles.
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. Ctffind3)
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Number images: 7723 / Random conical tilt - Tilt angle: 40 degrees
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX (ver. EMAN2 2.06)
詳細: Sparx was used to generate the 2D classes of the untilted particles and to get their relative orientations to derive the Euler angles, then Spider (version 17.12) was used to do the back projection.
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 7967
詳細The selected images were normalized.
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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