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- EMDB-8836: Sub-tomogram average of ODA Pre class -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8836
タイトルSub-tomogram average of ODA Pre class
マップデータSub-tomogram average of ODA Pre class: sea urchin sperm flagellar ODA dyneins are in pre-powerstroke states
試料
  • 細胞: Sea urchin sperm
生物種Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Lin J / Nicastro D
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM083122 米国
March of Dimes Foundation 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Asymmetric distribution and spatial switching of dynein activity generates ciliary motility.
著者: Jianfeng Lin / Daniela Nicastro /
要旨: Motile cilia and flagella are essential, highly conserved organelles, and their motility is driven by the coordinated activities of multiple dynein isoforms. The prevailing "switch-point" hypothesis ...Motile cilia and flagella are essential, highly conserved organelles, and their motility is driven by the coordinated activities of multiple dynein isoforms. The prevailing "switch-point" hypothesis posits that dyneins are asymmetrically activated to drive flagellar bending. To test this model, we applied cryo-electron tomography to visualize activity states of individual dyneins relative to their locations along beating flagella of sea urchin sperm cells. As predicted, bending was generated by the asymmetric distribution of dynein activity on opposite sides of the flagellum. However, contrary to predictions, most dyneins were in their active state, and the smaller population of conformationally inactive dyneins switched flagellar sides relative to the bending direction. Thus, our data suggest a "switch-inhibition" mechanism in which force imbalance is generated by inhibiting, rather than activating, dyneins on alternating sides of the flagellum.
履歴
登録2017年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年8月23日-
マップ公開2018年5月9日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 130
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 130
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8836.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8836.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 686.5 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sub-tomogram average of ODA Pre class: sea urchin sperm flagellar ODA dyneins are in pre-powerstroke states
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
9.86 Å/pix.
x 56 pix.
= 551.936 Å		9.86 Å/pix.
x 56 pix.
= 551.936 Å		9.86 Å/pix.
x 56 pix.
= 551.936 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.856 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 130 / ムービー #1: 130
最小 - 最大95.93834 - 168.63574
平均 (標準偏差)127.620125 (±6.701038)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ565656
Spacing565656
セルA=B=C: 551.936 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.8569.8569.856
M x/y/z565656
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z551.936551.936551.936
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS565656
D min/max/mean95.938168.636127.620

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Sea urchin sperm

全体名称: Sea urchin sperm
要素
  • 細胞: Sea urchin sperm

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超分子 #1: Sea urchin sperm

超分子名称: Sea urchin sperm / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Sperm cells were actively swimming in the artificial seawater.
由来(天然)生物種: Strongylocentrotus purpuratus (ムラサキウニ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
360.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMMgCl2magnesium chloride
10.0 mMCaCl2calcium chloride
10.0 mMKClpotassium chloride
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN MULTISCAN / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 倍率（公称値）: 13500
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.9.0) / 使用したサブトモグラム数: 1600
抽出トモグラム数: 41 / 使用した粒子像数: 25874 / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.9.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.9.0)
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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