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- EMDB-8072: Alcohol oxidase from Pichia pastoris -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-8072
タイトルAlcohol oxidase from Pichia pastoris
マップデータNone
試料
  • 複合体: alcohol oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol oxidase 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
キーワードalcohol oxidase peroxisome / oxidoreductase
機能・相同性
機能・相同性情報


methane catabolic process / alcohol oxidase activity / alcohol oxidase / methanol metabolic process / peroxisomal matrix / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
GMC oxidoreductases signature 1. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Alcohol oxidase 1 / Alcohol oxidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Komagataella pastoris (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.37 Å
データ登録者Vonck J / Mills DJ
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2016
タイトル: Structure of Alcohol Oxidase from Pichia pastoris by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Janet Vonck / David N Parcej / Deryck J Mills /
要旨: The first step in methanol metabolism in methylotrophic yeasts, the oxidation of methanol and higher alcohols with molecular oxygen to formaldehyde and hydrogen peroxide, is catalysed by alcohol ...The first step in methanol metabolism in methylotrophic yeasts, the oxidation of methanol and higher alcohols with molecular oxygen to formaldehyde and hydrogen peroxide, is catalysed by alcohol oxidase (AOX), a 600-kDa homo-octamer containing eight FAD cofactors. When these yeasts are grown with methanol as the carbon source, AOX forms large crystalline arrays in peroxisomes. We determined the structure of AOX by cryo-electron microscopy at a resolution of 3.4 Å. All residues of the 662-amino acid polypeptide as well as the FAD are well resolved. AOX shows high structural homology to other members of the GMC family of oxidoreductases, which share a conserved FAD binding domain, but have different substrate specificities. The preference of AOX for small alcohols is explained by the presence of conserved bulky aromatic residues near the active site. Compared to the other GMC enzymes, AOX contains a large number of amino acid inserts, the longest being 75 residues. These segments are found at the periphery of the monomer and make extensive inter-subunit contacts which are responsible for the very stable octamer. A short surface helix forms contacts between two octamers, explaining the tendency of AOX to form crystals in the peroxisomes.
履歴
登録2016年2月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年8月3日-
マップ公開2016年8月3日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.052
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.052
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5i68
  • 表面レベル: 0.052
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5i68
  • 表面レベル: 0.052
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_8072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈None
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.14 Å/pix.
x 192 pix.
= 218.88 Å		1.14 Å/pix.
x 192 pix.
= 218.88 Å		1.14 Å/pix.
x 192 pix.
= 218.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.14 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.052 / ムービー #1: 0.052
最小 - 最大-0.22297949 - 0.37240782
平均 (標準偏差)-0.00008804758 (±0.022625932)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 218.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.141.141.14
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z218.880218.880218.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.2230.372-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : alcohol oxidase

全体名称: alcohol oxidase
要素
  • 複合体: alcohol oxidase
    • タンパク質・ペプチド: Alcohol oxidase 1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: alcohol oxidase

超分子名称: alcohol oxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: Alcohol oxidase 1

分子名称: Alcohol oxidase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alcohol oxidase
由来(天然)生物種: Komagataella pastoris (菌類)
分子量理論値: 73.992195 KDa
配列文字列: MAIPEEFDIL VLGGGSSGSC IAGRLANLDH SLKVGLIEAG ENNLNNPWVY LPGIYPRNMK LDSKTASFYT SNPSPHLNGR RAIVPCANV LGGGSSINFM MYTRGSASDY DDFQAEGWKT KDLLPLMKKT ETYQRACNNP DIHGFEGPIK VSFGNYTYPV C QDFLRASE ...文字列:
MAIPEEFDIL VLGGGSSGSC IAGRLANLDH SLKVGLIEAG ENNLNNPWVY LPGIYPRNMK LDSKTASFYT SNPSPHLNGR RAIVPCANV LGGGSSINFM MYTRGSASDY DDFQAEGWKT KDLLPLMKKT ETYQRACNNP DIHGFEGPIK VSFGNYTYPV C QDFLRASE SQGIPYVDDL EDLVTAHGAE HWLKWINRDT GRRSDSAHAF VHSTMRNHDN LYLICNTKVD KIIVEDGRAA AV RTVPSKP LNPKKPSHKI YRARKQIVLS CGTISSPLVL QRSGFGDPIK LRAAGVKPLV NLPGVGRNFQ DHYCFFSPYR IKP QYESFD DFVRGDAEIQ KRVFDQWYAN GTGPLATNGI EAGVKIRPTP EELSQMDESF QEGYREYFED KPDKPVMHYS IIAG FFGDH TKIPPGKYMT MFHFLEYPFS RGSIHITSPD PYAAPDFDPG FMNDERDMAP MVWAYKKSRE TARRMDHFAG EVTSH HPLF PYSSEARALE MDLETSNAYG GPLNLSAGLA HGSWTQPLKK PTAKNEGHVT SNQVELHPDI EYDEEDDKAI ENYIRE HTE TTWHCLGTCS IGPREGSKIV KWGGVLDHRS NVYGVKGLKV GDLSVCPDNV GCNTYTTALL IGEKTATLVG EDLGYSG EA LDMTVPQFKL GTYEKTGLAR F

UniProtKB: Alcohol oxidase 1

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分子 #2: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #3: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: Potassium phosphate buffer, 50 mM
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: The grids had been cleaned in chloroform for 2 hrs.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / 詳細: blot for 11 seconds before plunging.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
詳細Data was collected manually
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-21 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 倍率（補正後）: 43860 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細The movie frames were aligned prior to particle picking and the images were binned 3x.
粒子像選択選択した数: 56544
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: An initial model was created from negative stain images using EMAN2
詳細: D4 symmetry was applied.
最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - 点群: D4 (2回x4回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.37 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 詳細: RELION was used for the reconstruction / 使用した粒子像数: 49559
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 詳細: RELION
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 詳細: RELION
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 5600 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 詳細: 87.6% of the particles ended up in one 3D class.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

3nne

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1gal

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

3fim

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 147
得られたモデル

PDB-5i68:
Alcohol oxidase from Pichia pastoris

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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