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- EMDB-65729: Cryo-EM structure of CpcL-PBS2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-65729
タイトルCryo-EM structure of CpcL-PBS2
マップデータ
試料
  • 複合体: CpcL-PBS2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I-associated linker protein CpcL
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
キーワードPhycobilisomes / PHOTOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Phycobilisome linker protein / Phycocyanin, alpha subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Phycobilisome linker protein / Phycocyanin, alpha subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / Phycocyanin, beta subunit / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
C-phycocyanin beta subunit / C-phycocyanin alpha subunit / Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod / Photosystem I-associated linker protein CpcL
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Mao ZY / Li ZH / Han GY
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2026
タイトル: Structural insight of a photosystem I-CpcL-phycobilisome supercomplex from a cyanobacterium sp. PCC 7120.
著者: Zhiyuan Mao / Zhenhua Li / Xingyue Li / Liangliang Shen / Tingyun Kuang / Wenda Wang / Jian-Ren Shen / Guangye Han /
要旨: Phycobilisomes (PBSs) are supramolecular pigment-protein complexes composed of phycobiliproteins and linker proteins, serving as the major light-harvesting complexes that capture and transfer light ...Phycobilisomes (PBSs) are supramolecular pigment-protein complexes composed of phycobiliproteins and linker proteins, serving as the major light-harvesting complexes that capture and transfer light energy to photosystem II (PSII) and photosystem I (PSI) in cyanobacteria and eukaryotic red algae. In cyanobacteria, a rod-type PBS that does not have a core is specifically connected to PSI by a linker protein CpcL to form a PSI-CpcL-PBS supercomplex. However, the mechanism of CpcL-PBS association to PSI remains unclear. Here, we report the cryoelectron microscopic structures of PSI-CpcL-PBS at 2.98 Å and CpcL-PBS at 2.93 Å resolution from a cyanobacterium sp. PCC 7120, respectively. CpcL-PBS is located on the stromal side of a PSI tetramer and exhibits a structure of three-layered PBS consisting of four linkers (CpcL, CpcC1, CpcC2, PecC) and 18 pairs of phycocyanin αβ monomers. The C-terminal transmembrane helix of CpcL inserts to the membrane and interacts with PsaA, PsaB, and PsaM of PSI at an interface I between two PSI monomers, enabling the formation of the PSI-CpcL-PBS supercomplex. The exact structure of protein subunits and arrangement of bilin and chlorophyll pigments are revealed, which provide a structural basis for the assembly of PSI-CpcL-PBS and possible excitation energy transfer pathways from antennas to PSI within this supercomplex, shedding light on the organization and attachment of CpcL-PBS in cyanobacterial thylakoids.
履歴
登録2025年8月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月15日-
マップ公開2026年4月15日-
更新2026年4月15日-
現状2026年4月15日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_65729.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_65729.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å		1.04 Å/pix.
x 512 pix.
= 532.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.185
最小 - 最大-0.3236827 - 0.99218005
平均 (標準偏差)0.0005195119 (±0.020876108)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 532.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_65729_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_65729_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CpcL-PBS2

全体名称: CpcL-PBS2
要素
  • 複合体: CpcL-PBS2
    • タンパク質・ペプチド: Photosystem I-associated linker protein CpcL
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin alpha subunit
    • タンパク質・ペプチド: C-phycocyanin beta subunit
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN

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超分子 #1: CpcL-PBS2

超分子名称: CpcL-PBS2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)

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分子 #1: Photosystem I-associated linker protein CpcL

分子名称: Photosystem I-associated linker protein CpcL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 22.267941 KDa
配列文字列: ALPLLEYKPT TQNQRVQSFG TADVNEDTPY IYRLENANSP SEIEELIWAA YRQVFNEQEI LKFNRQIGLE TQLKNRSITV KDFIRGLAK SERFYQLVVT PNNNYRLVEM SLKRLLGRSP YNEEEKIAWS IQIASKGWGG FVDALIDSTE YEQAFGDNTV P YQRKRLTT ...文字列:
ALPLLEYKPT TQNQRVQSFG TADVNEDTPY IYRLENANSP SEIEELIWAA YRQVFNEQEI LKFNRQIGLE TQLKNRSITV KDFIRGLAK SERFYQLVVT PNNNYRLVEM SLKRLLGRSP YNEEEKIAWS IQIASKGWGG FVDALIDSTE YEQAFGDNTV P YQRKRLTT DRPFSFTPRY GADYRDRAGI VRP

UniProtKB: Photosystem I-associated linker protein CpcL

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分子 #2: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

分子名称: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 32.122891 KDa
配列文字列: AITTAASRLG TEPFSDAPKV ELRPKASREE VESVIRAVYR HVLGNDYILA SERLVSAESL LRDGNLTVRE FVRSVAKSEL YKKKFFYNS FQTRLIELNY KHLLGRAPYD ESEVVYHLDL YQNKGYDAEI DSYIDSWEYQ SNFGDNVVPY YRGFETQVGQ K TAGFNRIF ...文字列:
AITTAASRLG TEPFSDAPKV ELRPKASREE VESVIRAVYR HVLGNDYILA SERLVSAESL LRDGNLTVRE FVRSVAKSEL YKKKFFYNS FQTRLIELNY KHLLGRAPYD ESEVVYHLDL YQNKGYDAEI DSYIDSWEYQ SNFGDNVVPY YRGFETQVGQ K TAGFNRIF RLYRGYANSD RAQVEGTKSR LARELASNKA STIVGPSGTN DSWGFRASAD VAPKKNLGNA VGEGDRVYRL EV TGIRSPG YPSVRRSSTV FIVPYERLSD KIQQVHKQGG KIVSVTSA

UniProtKB: Phycobilisome 32.1 kDa linker polypeptide, phycocyanin-associated, rod

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分子 #3: C-phycocyanin alpha subunit

分子名称: C-phycocyanin alpha subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 17.344256 KDa
配列文字列:
VKTPITEAIA AADTQGRFLG NTELQSARGR YERAAASLEA ARGLTSNAQR LIDGATQAVY QKFPYTTQTP GPQFAADSRG KSKCARDVG HYLRIITYSL VAGGTGPLDE YLIAGLAEIN STFDLSPSWY VEALKHIKAN HGLSGQAANE ANTYIDYAIN A LS

UniProtKB: C-phycocyanin alpha subunit

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分子 #4: C-phycocyanin beta subunit

分子名称: C-phycocyanin beta subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 = FACHB-418 (バクテリア)
分子量理論値: 18.272562 KDa
配列文字列:
TLDVFTKVVS QADSRGEFLS NEQLDALANV VKEGNKRLDV VNRITSNASA IVTNAARALF EEQPQLIAPG GNAYTNRRMA ACLRDMEII LRYVTYAILA GDASVLDDRC LNGLRETYQA LGTPGSSVAV GVQKMKDAAV GIANDPNGIT KGDCSQLISE V ASYFDRAA AAVG

UniProtKB: C-phycocyanin beta subunit

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分子 #5: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 36 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOCONTINUUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.58 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Coot / 使用した粒子像数: 270378
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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