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- EMDB-62989: PvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-62989
タイトルPvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module)
マップデータ
試料
  • 複合体: PvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module)
    • タンパク質・ペプチド: PvdL
    • タンパク質・ペプチド: MbtH-like domain-containing protein
キーワードNonribosomal peptide synthetase / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


pyoverdine biosynthetic process / monocarboxylic acid biosynthetic process / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / siderophore biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / lipid biosynthetic process / ligase activity / catalytic activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process ...pyoverdine biosynthetic process / monocarboxylic acid biosynthetic process / Actinobacterium-type cell wall biogenesis / siderophore biosynthetic process / amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / lipid biosynthetic process / ligase activity / catalytic activity / phosphopantetheine binding / antibiotic biosynthetic process / fatty acid metabolic process / transferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
MbtH-like protein / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Non-ribosomal peptide synthase / Amino acid adenylation domain / Condensation domain / Condensation domain ...MbtH-like protein / Fatty acyl-AMP ligase /fatty acyl-CoA ligase / MbtH-like domain / MbtH-like domain superfamily / MbtH-like protein / MbtH-like protein / Non-ribosomal peptide synthase / Amino acid adenylation domain / Condensation domain / Condensation domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain
類似検索 - ドメイン・相同性
PvdL / MbtH-like domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.76 Å
データ登録者Wei C / Jialiang W / Zhijun W
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, China)2019YFA0905400 中国
引用ジャーナル: Nat Synth / 年: 2026
タイトル: Analysis of heterocycle formation and stereochemical control by a non-ribosomal peptide synthetase condensation domain
著者: Cao W / Wang J / Chen SL / Li D / Wang X / Deng Z / Liang J / Wang Z
履歴
登録2025年1月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月7日-
マップ公開2026年1月7日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_62989.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_62989.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 340 pix.
= 280.16 Å		0.82 Å/pix.
x 340 pix.
= 280.16 Å		0.82 Å/pix.
x 340 pix.
= 280.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035
最小 - 最大-0.26223204 - 0.5163408
平均 (標準偏差)-0.000060157126 (±0.010112565)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 280.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_62989_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_62989_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : PvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module)

全体名称: PvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module)
要素
  • 複合体: PvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module)
    • タンパク質・ペプチド: PvdL
    • タンパク質・ペプチド: MbtH-like domain-containing protein

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超分子 #1: PvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module)

超分子名称: PvdL-E2-C3-A3 in complex with MLP (NRPS cross-module)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 193 kDa/nm

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分子 #1: PvdL

分子名称: PvdL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 185.112453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGAPRSVLE QQLAGVWREV LNVERVGLGD NFFELGGDSI LSIQVVSRAR QLGIHFSPRD LFQHQTVQSL AAVARHSQA SQAEQGPVQG DSALTPIQHW FFDLPLARRE HWNQALLLQP RQAIDLGLLR KSLQRLVEQH DALRLAFRQV D GEWLAQHR ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGAPRSVLE QQLAGVWREV LNVERVGLGD NFFELGGDSI LSIQVVSRAR QLGIHFSPRD LFQHQTVQSL AAVARHSQA SQAEQGPVQG DSALTPIQHW FFDLPLARRE HWNQALLLQP RQAIDLGLLR KSLQRLVEQH DALRLAFRQV D GEWLAQHR PLREQELLWH VPVQSFDECA ELFAKAQRSL DLEQGPLLRA VLVDGPAGEQ RLLLAIHHLV VDGVSWRVLL ED LQQVYRQ FAEGAEPALP AKTSAFRDWA GRLQAYAGSE SLREELGWWQ ARLGGQPVEW PCDRPQGDNR EALAESVSLR LDP QRTRQL LQQAPAAYRT QVNDLLLTAL ARVLCRWSGQ PSTLVQLEGH GREALFDDID LTRSVGWFTS AYPLRLTPAQ SPGE SIKAI KEQLRAVPHK GLGYGVLRYL ADPAVRQAMA ALPTAPITFN YLGQFDQSFA DALFQPLDQP TGPIHDEQAP LPNEL SVDG QVYGGELVLR WTYSRERYDA RTVNELAQAY LAELQALIEH CLEDGAGGLT PSDFPLAQLS QAQLDALAVP AGEIED VYP LTPMQEGLLL HTLLEPGTGI YYMQDRYRID SPLDPERFAA AWQAVVARHE ALRASFVWNA GETMLQVIHK PGRTRIE FL DWSELPEDGH EERLQALHKR EREAGFDLLE QPPFHLRLIR LGEARYWFMM SNHHILIDAW CRGLLMNDFF EIYSALGE S RPANLPTPPR YRDYIAWLQR QDLEQSRRWW SESLRGFERP TLVPSDRPFL REHAGESGGM IVGDRYTRLD AADGARLRE LAQRYQLTVN TFAQAAWALT LRRFSGERDV LFGVTVAGRP VGMPEMQRTV GLFINSIPLR VQMPAAGQRC TVREWLNRLF ERNLELREH EHLPLVAIQE SSELPKGQPL FDSLFVFENA PVEVSVLDRA QSLNASSDSG RTHTNFPLTV VCYPGDDLGL H LSYDQRYF EAPTVERLLG EFKRLLLALA DGFHGELEAL PLLGEDERDF LLDGCNRSAR DYPLEQGYVR LFEAQVAAHP QR IAASCLE QRWSYAELNR RANRLGHALR AAGVGIDQPV ALLAERGLDL LGMIVGSFKA GAGYLPLDPG HPTQRLTRIV ELS RTLVLV CTQACREQAL ALFDELGCVD RPRLLVWDEI QQGEGAEHDP QVYSGPQNLA YVIYTSGSTG LPKGVMVEQA GMLN NQLSK VPYLELDEND VIAQTASQSF DISVWQFLAA PLFGARVAIV PNAVAHDPQG LLAHVGEQGI TVLESVPSLI QGMLA EERQ ALDGLRWMLP TGEAMPPELA RQWLKRYPRI GLVNAYGPAE CSDDVAFFRV DLASTESTYL PIGSPTDNNR LYLLGA GAD DAFELVPLGA VGELCVAGTG VGRGYVGDPL RTAQAFVPHP FGAPGERLYR TGDLARRRAD GVLEYVGRID HQVKIRG FR IELGEIEARL HERADVREAA VAVQEGANGK YLVGYLVPGE TPRSSADSPA GLMVEQGAWF ERIKQQLRAD LPDYMVPL H WLVLDRMPLN ANGKLDRKAL PALDIGQMQN QAYQAPRNEL EETLARIWAE VLKVERVGVF DNFFELGGHS LLATQIASR VQKALQRNVP LRAMFECTTV EELASYIESL APSEISEQKA ERLNDLMSKL EML

UniProtKB: PvdL

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分子 #2: MbtH-like domain-containing protein

分子名称: MbtH-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 9.856021 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTSVFDRDDI QFQVVVNHEE QYSIWPEYKE IPQGWRAAGK SGLKKDCLAY IEEVWTDMRP LSLRQHMDKA AGSTGNWSHP QFEK

UniProtKB: MbtH-like domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 180174
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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