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- EMDB-53472: Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 in the apo state. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-53472
タイトルCryo-EM structure of rat SLCO2A1 in the apo state.
マップデータUnsharpened map.
試料
  • 複合体: SLCO2A1 protein in detergent-lipid micelle.
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードOATP2A1 / plasma membrane localized / prostaglandin transporter / PGT / major facilitator superfamily. / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Organic anion transport by SLCO transporters / sodium-independent organic anion transport / : / prostaglandin transport / prostaglandin transmembrane transporter activity / basal plasma membrane / basolateral plasma membrane / lysosome
類似検索 - 分子機能
Organic anion transporter polypeptide / Organic Anion Transporter Polypeptide (OATP) family / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Kazal domain superfamily / Kazal domain / Kazal domain profile. / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Deme JC / Goult J / Lea SM / Newstead S
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust215519/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Structural basis for prostaglandin and drug transport via SLCO2A1.
著者: Chitra Joshi / Justin C Deme / Yoshinobu Nakamura / Wei-Tse Hsu / Jonathan D Goult / Takafumi Kato / Joanne L Parker / Philip C Biggin / Susan M Lea / Takeo Nakanishi / Simon Newstead /
要旨: Organic anion-transporting polypeptide transporters (SLCO/OATPs) function as cellular gatekeepers, regulating intestinal absorption, hepatic and renal clearance, and the tissue distribution of drugs ...Organic anion-transporting polypeptide transporters (SLCO/OATPs) function as cellular gatekeepers, regulating intestinal absorption, hepatic and renal clearance, and the tissue distribution of drugs and metabolites in the human body. However, the mechanisms underlying substrate selection within the SLCO superfamily remain unclear, hampering efforts to rationalize the interaction of drugs and metabolites with these transporters. SLCO2A1 (also known as OATP2A1) is responsible for the distribution of eicosanoids, including prostaglandins (PGs) and thromboxanes, throughout the body, in addition to several families of nonsteroidal anti-inflammatory drugs (NSAIDs). Here, we present cryogenic electron microscopy structures of SLCO2A1 bound to endogenous PGs and to four widely prescribed medications for treating inflammation, chronic asthma, and Parkinson's disease (PD). Complementary molecular dynamics and in vivo cellular assays elucidate the molecular basis for PG and drug recognition. Our study reports essential mechanistic details that underpin substrate selection and subfamily adaptation within the broader SLCO superfamily of drug and metabolite transporters.
履歴
登録2025年4月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月11日-
マップ公開2026年2月11日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_53472.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_53472.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å		0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å		0.73 Å/pix.
x 392 pix.
= 286.944 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.21147396 - 0.6429674
平均 (標準偏差)-0.00041860808 (±0.012018367)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ392392392
Spacing392392392
セルA=B=C: 286.944 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Sharpened map.

ファイルemd_53472_additional_1.map
注釈Sharpened map.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_53472_half_map_1.map
注釈Half map_B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_53472_half_map_2.map
注釈Half map_A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : SLCO2A1 protein in detergent-lipid micelle.

全体名称: SLCO2A1 protein in detergent-lipid micelle.
要素
  • 複合体: SLCO2A1 protein in detergent-lipid micelle.
    • タンパク質・ペプチド: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: SLCO2A1 protein in detergent-lipid micelle.

超分子名称: SLCO2A1 protein in detergent-lipid micelle. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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分子 #1: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

分子名称: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: Fusion protein: Avi tag (GLNDIFEAQKIEWHE) Linker as restriction site used for cloning (XhoI): N'-SLCO2A1-Avitag-LEGG-C'
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)
分子量理論値: 72.615117 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGLLLKPGAR QGSGTSSVPD RRCPRSVFSN IKVFVLCHGL LQLCQLLYSA YFKSSLTTIE KRFGLSSSSS GLISSLNEIS NATLIIFIS YFGSRVNRPR MIGIGGLLLA AGAFVLTLPH FLSEPYQYTS TTDGNRSSFQ TDLCQKHFGA LPPSKCHSTV P DTHKETSS ...文字列:
MGLLLKPGAR QGSGTSSVPD RRCPRSVFSN IKVFVLCHGL LQLCQLLYSA YFKSSLTTIE KRFGLSSSSS GLISSLNEIS NATLIIFIS YFGSRVNRPR MIGIGGLLLA AGAFVLTLPH FLSEPYQYTS TTDGNRSSFQ TDLCQKHFGA LPPSKCHSTV P DTHKETSS LWGLMVVAQL LAGIGTVPIQ PFGISYVDDF AEPTNSPLYI SILFAIAVFG PAFGYLLGSV MLRIFVDYGR VD TATVNLS PGDPRWIGAW WLGLLISSGF LIVTSLPFFF FPRAMSRGAE RSVTAEETMQ TEEDKSRGSL MDFIKRFPRI FLR LLMNPL FMLVVLSQCT FSSVIAGLST FLNKFLEKQY GATAAYANFL IGAVNLPAAA LGMLFGGILM KRFVFPLQTI PRVA ATIIT ISMILCVPLF FMGCSTSAVA EVYPPSTSSS IHPQQPPACR RDCSCPDSFF HPVCGDNGVE YVSPCHAGCS STNTS SEAS KEPIYLNCSC VSGGSASAKT GSCPTSCAQL LLPSIFLISF AALIACISHN PLYMMVLRVV NQDEKSFAIG VQFLLM RLL AWLPAPSLYG LLIDSSCVRW NYLCSGRRGA CAYYDNDALR NRYLGLQMVY KALGTLLLFF ISWRMKKNRE YSLQENT SG LIGLNDIFEA QKIEWHELEG G

UniProtKB: Solute carrier organic anion transporter family member 2A1

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分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 61.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 3.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 220549
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9qzo:
Cryo-EM structure of rat SLCO2A1 in the apo state.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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