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- EMDB-50444: Cryo-EM structure of human CD163 SRCR2-4 in complex with haptoglo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50444
タイトルCryo-EM structure of human CD163 SRCR2-4 in complex with haptoglobin-hemoglobin
マップデータMap from focused refinement using a mask covering haptoglobin-hemoglobin and CD163 SRCR 2-4
試料
  • 複合体: CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin
    • 複合体: CD163
      • タンパク質・ペプチド: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130
    • 複合体: haptoglobin-hemoglobin complex
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Haptoglobin
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードScavenging receptor / oxygen transport / complex / hemolysis / inflammation / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / scavenger receptor activity / CD163 mediating an anti-inflammatory response / zymogen activation / cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex ...negative regulation of hydrogen peroxide catabolic process / scavenger receptor activity / CD163 mediating an anti-inflammatory response / zymogen activation / cellular oxidant detoxification / Heme assimilation / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / antioxidant activity / hemoglobin complex / oxygen transport / immune system process / Scavenging of heme from plasma / erythrocyte development / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / acute-phase response / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Heme signaling / defense response / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Late endosomal microautophagy / platelet aggregation / specific granule lumen / regulation of blood pressure / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / endocytic vesicle membrane / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / scaffold protein binding / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / defense response to bacterium / iron ion binding / inflammatory response / serine-type endopeptidase activity / external side of plasma membrane / heme binding / Neutrophil degranulation / : / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Hemoglobin, pi ...SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Haptoglobin / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha / Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.87 Å
データ登録者Andersen CBF / Kollman JM
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
LundbeckfondenR291-2018-49 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: The Cryo-EM structure of human CD163 bound to haptoglobin-hemoglobin reveals molecular mechanisms of hemoglobin scavenging.
著者: Anders Etzerodt / Jakob Hauge Mikkelsen / Morten Torvund-Jensen / Dorle Hennig / Thomas Boesen / Jonas Heilskov Graversen / Søren Kragh Moestrup / Justin M Kollman / Christian Brix Folsted Andersen /
要旨: CD163, a macrophage-specific receptor, plays a critical role in scavenging hemoglobin released during hemolysis, protecting against oxidative effects of heme iron. In the bloodstream, hemoglobin is ...CD163, a macrophage-specific receptor, plays a critical role in scavenging hemoglobin released during hemolysis, protecting against oxidative effects of heme iron. In the bloodstream, hemoglobin is bound by haptoglobin, leading to its immediate endocytosis by CD163. While haptoglobin's structure and function are well understood, CD163's structure and its interaction with the haptoglobin-hemoglobin complex have remained elusive. Here, we present the cryo-electron microscopy structure of the entire extracellular domain of human CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin. The structure reveals that CD163 assembles into trimers (and to some extent dimers), binding haptoglobin-hemoglobin in their center. Key acidic residues in CD163 interact with lysine residues from both haptoglobin and hemoglobin. Calcium-binding sites located near the haptoglobin-hemoglobin interface in CD163 provide explanation for the calcium dependence of the interaction. Furthermore, we show that the interaction facilitating CD163 oligomerization mimics ligand binding and is also calcium dependent. This structural insight into CD163 advances our understanding of its role in hemoglobin scavenging as well as its broader relevance to structurally related scavenger receptors.
履歴
登録2024年5月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月18日-
マップ公開2024年12月18日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50444.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50444.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map from focused refinement using a mask covering haptoglobin-hemoglobin and CD163 SRCR 2-4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 339.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-3.6951184 - 6.050188
平均 (標準偏差)0.050303545 (±0.13080889)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 339.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_50444_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map from focused refinement using a mask...

ファイルemd_50444_half_map_1.map
注釈Half map from focused refinement using a mask covering haptoglobin-hemoglobin and CD163 SRCR 2-4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map from focused refinement using a mask...

ファイルemd_50444_half_map_2.map
注釈Half map from focused refinement using a mask covering haptoglobin-hemoglobin and CD163 SRCR 2-4
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin

全体名称: CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin
要素
  • 複合体: CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin
    • 複合体: CD163
      • タンパク質・ペプチド: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130
    • 複合体: haptoglobin-hemoglobin complex
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Hemoglobin subunit beta
      • タンパク質・ペプチド: Haptoglobin
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin

超分子名称: CD163 in complex with haptoglobin-hemoglobin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4

+
超分子 #2: CD163

超分子名称: CD163 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: haptoglobin-hemoglobin complex

超分子名称: haptoglobin-hemoglobin complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: Hemoglobin subunit alpha

分子名称: Hemoglobin subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.28155 KDa
配列文字列:
MVLSPADKTN VKAAWGKVGA HAGEYGAEAL ERMFLSFPTT KTYFPHFDLS HGSAQVKGHG KKVADALTNA VAHVDDMPNA LSALSDLHA HKLRVDPVNF KLLSHCLLVT LAAHLPAEFT PAVHASLDKF LASVSTVLTS KYR

UniProtKB: Hemoglobin subunit alpha

+
分子 #2: Hemoglobin subunit beta

分子名称: Hemoglobin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.021396 KDa
配列文字列:
MVHLTPEEKS AVTALWGKVN VDEVGGEALG RLLVVYPWTQ RFFESFGDLS TPDAVMGNPK VKAHGKKVLG AFSDGLAHLD NLKGTFATL SELHCDKLHV DPENFRLLGN VLVCVLAHHF GKEFTPPVQA AYQKVVAGVA NALAHKYH

UniProtKB: Hemoglobin subunit beta

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分子 #3: Haptoglobin

分子名称: Haptoglobin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.262184 KDa
配列文字列: MSALGAVIAL LLWGQLFAVD SGNDVTDIAD DGCPKPPEIA HGYVEHSVRY QCKNYYKLRT EGDGVYTLND KKQWINKAVG DKLPECEAD DGCPKPPEIA HGYVEHSVRY QCKNYYKLRT EGDGVYTLNN EKQWINKAVG DKLPECEAVC GKPKNPANPV Q RILGGHLD ...文字列:
MSALGAVIAL LLWGQLFAVD SGNDVTDIAD DGCPKPPEIA HGYVEHSVRY QCKNYYKLRT EGDGVYTLND KKQWINKAVG DKLPECEAD DGCPKPPEIA HGYVEHSVRY QCKNYYKLRT EGDGVYTLNN EKQWINKAVG DKLPECEAVC GKPKNPANPV Q RILGGHLD AKGSFPWQAK MVSHHNLTTG ATLINEQWLL TTAKNLFLNH SENATAKDIA PTLTLYVGKK QLVEIEKVVL HP NYSQVDI GLIKLKQKVS VNERVMPICL PSKDYAEVGR VGYVSGWGRN ANFKFTDHLK YVMLPVADQD QCIRHYEGST VPE KKTPKS PVGVQPILNE HTFCAGMSKY QEDTCYGDAG SAFAVHDLEE DTWYATGILS FDKSCAVAEY GVYVKVTSIQ DWVQ KTIAE N

UniProtKB: Haptoglobin

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分子 #4: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

分子名称: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 125.594805 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MSKLRMVLLE DSGSADFRRH FVNLSPFTIT VVLLLSACFV TSSLGGTDKE LRLVDGENKC SGRVEVKVQE EWGTVCNNGW SMEAVSVIC NQLGCPTAIK APGWANSSAG SGRIWMDHVS CRGNESALWD CKHDGWGKHS NCTHQQDAGV TCSDGSNLEM R LTRGGNMC ...文字列:
MSKLRMVLLE DSGSADFRRH FVNLSPFTIT VVLLLSACFV TSSLGGTDKE LRLVDGENKC SGRVEVKVQE EWGTVCNNGW SMEAVSVIC NQLGCPTAIK APGWANSSAG SGRIWMDHVS CRGNESALWD CKHDGWGKHS NCTHQQDAGV TCSDGSNLEM R LTRGGNMC SGRIEIKFQG RWGTVCDDNF NIDHASVICR QLECGSAVSF SGSSNFGEGS GPIWFDDLIC NGNESALWNC KH QGWGKHN CDHAEDAGVI CSKGADLSLR LVDGVTECSG RLEVRFQGEW GTICDDGWDS YDAAVACKQL GCPTAVTAIG RVN ASKGFG HIWLDSVSCQ GHEPAIWQCK HHEWGKHYCN HNEDAGVTCS DGSDLELRLR GGGSRCAGTV EVEIQRLLGK VCDR GWGLK EADVVCRQLG CGSALKTSYQ VYSKIQATNT WLFLSSCNGN ETSLWDCKNW QWGGLTCDHY EEAKITCSAH REPRL VGGD IPCSGRVEVK HGDTWGSICD SDFSLEAASV LCRELQCGTV VSILGGAHFG EGNGQIWAEE FQCEGHESHL SLCPVA PRP EGTCSHSRDV GVVCSRYTEI RLVNGKTPCE GRVELKTLGA WGSLCNSHWD IEDAHVLCQQ LKCGVALSTP GGARFGK GN GQIWRHMFHC TGTEQHMGDC PVTALGASLC PSEQVASVIC SGNQSQTLSS CNSSSLGPTR PTIPEESAVA CIESGQLR L VNGGGRCAGR VEIYHEGSWG TICDDSWDLS DAHVVCRQLG CGEAINATGS AHFGEGTGPI WLDEMKCNGK ESRIWQCHS HGWGQQNCRH KEDAGVICSE FMSLRLTSEA SREACAGRLE VFYNGAWGTV GKSSMSETTV GVVCRQLGCA DKGKINPASL DKAMSIPMW VDNVQCPKGP DTLWQCPSSP WEKRLASPSE ETWITCDNKI RLQEGPTSCS GRVEIWHGGS WGTVCDDSWD L DDAQVVCQ QLGCGPALKA FKEAEFGQGT GPIWLNEVKC KGNESSLWDC PARRWGHSEC GHKEDAAVNC TDISVQKTPQ KA TTGRSSR QSSFIAVGIL GVVLLAIFVA LFFLTKKRRQ RQRLAVSSRG ENLVHQIQYR EMNSCLNADD LDLMNSSENS HES ADFSAA ELISVSKFLP ISGMEKEAIL SHTEKENGNL

UniProtKB: Scavenger receptor cysteine-rich type 1 protein M130

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分子 #5: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #7: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 90.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 357824
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4wjg

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4) / 使用した粒子像数: 57262
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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