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- EMDB-49869: Cryo-EM structure of rhesus antibody CH70-Apex1.01 in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49869
タイトルCryo-EM structure of rhesus antibody CH70-Apex1.01 in complex with HIV Env trimer Q23-APEX-GT2
マップデータ
試料
  • 複合体: CH70-Apex1.01 Fab in complex with HIV envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: CH70-Apex1.01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: CH70-Apex1.01 kappa chain
    • タンパク質・ペプチド: HIV envelope gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV envelope gp41 ectodomain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードimmune complex / neutralization / V2 apex / germline-targeting / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Macaca mulatta (アカゲザル) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Roark RS / Shapiro LS / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Germline-targeting HIV immunogen induces cross-neutralizing antibodies in outbred macaques
著者: Mishra N / Roark RS / Kwong PD / Shaw GM / Andrabi R
履歴
登録2025年3月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年4月1日-
マップ公開2026年4月1日-
更新2026年4月1日-
現状2026年4月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49869.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49869.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å		0.83 Å/pix.
x 384 pix.
= 318.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.20670865 - 0.5320114
平均 (標準偏差)0.0005923555 (±0.013465635)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 318.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_49869_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_49869_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CH70-Apex1.01 Fab in complex with HIV envelope trimer

全体名称: CH70-Apex1.01 Fab in complex with HIV envelope trimer
要素
  • 複合体: CH70-Apex1.01 Fab in complex with HIV envelope trimer
    • タンパク質・ペプチド: CH70-Apex1.01 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: CH70-Apex1.01 kappa chain
    • タンパク質・ペプチド: HIV envelope gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV envelope gp41 ectodomain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: CH70-Apex1.01 Fab in complex with HIV envelope trimer

超分子名称: CH70-Apex1.01 Fab in complex with HIV envelope trimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)

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分子 #1: CH70-Apex1.01 heavy chain

分子名称: CH70-Apex1.01 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 26.823596 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGASIN NNYWSWLRQT PGKGLEWIGR ISGSGDSSDY NPSVKSRVSV SIDTSRNEFS LRLSSVTAA DTAIYYCARD QGRYYVDDYA D(TYS)(TYS)NGAYYTG YTRFDVWGPG VQLTVSPAST KGPSVFPLAP SSR STSEST ...文字列:
QVQLQESGPG LVKPSETLSL TCAVSGASIN NNYWSWLRQT PGKGLEWIGR ISGSGDSSDY NPSVKSRVSV SIDTSRNEFS LRLSSVTAA DTAIYYCARD QGRYYVDDYA D(TYS)(TYS)NGAYYTG YTRFDVWGPG VQLTVSPAST KGPSVFPLAP SSR STSEST AALGCLVKDY FPEPVTVSWN SGSLTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYV CNVNHKPSNT KVDK RVEIK TCGGGLEVLF Q

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分子 #2: CH70-Apex1.01 kappa chain

分子名称: CH70-Apex1.01 kappa chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 23.286838 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQLTQSPSS LSASVGDRVT IICRASENVN NYIHWYQQKP GKAPNLLIYA AYTLQGGVPS RFIGSGSGTD FTLTISSLQP EDVAIYFCQ HSFDDPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS ...文字列:
DIQLTQSPSS LSASVGDRVT IICRASENVN NYIHWYQQKP GKAPNLLIYA AYTLQGGVPS RFIGSGSGTD FTLTISSLQP EDVAIYFCQ HSFDDPLTFG GGTKVEIKRT VAAPSVFIFP PSEDQVKSGT VSVVCLLNNF YPREASVKWK VDGALKTGNS Q ESVTEQDS KDNTYSLSST LTLSSTEYQS HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

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分子 #3: HIV envelope gp120

分子名称: HIV envelope gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.550621 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWRDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLDNVT EKFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCRNVTSVNT TGDREELKNC TFNMTTELRD KRQKVYSLFY RLDIVPINEN QGSEYRLINC N TSACTQAC ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWRDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLDNVT EKFNMWKNNM VEQMHTDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL HCRNVTSVNT TGDREELKNC TFNMTTELRD KRQKVYSLFY RLDIVPINEN QGSEYRLINC N TSACTQAC PKVSFEPIPI HYCAPAGFAI LKCKDEGFNG TGLCKNVSTV QCTHGIKPVV STQLLLNGSL AEKNITIRSE NI TNNAKII IVQLVQPVTI KCIRPNNYTR KSIRIGPGQA FYAMGDIIGD IRQAHCNVSR SRWNKTLQEV AEKLRTYFGN KTI IFANSS GGDLEITTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW YVNSTWNDTD STQESNDTIT LPCRIKQIIN MWQRAGQCMY APPI PGVIK CESNITGLLL TRDGGKDNNV NETFRPGGGD MRDNWRSELY KYKVVEIEPL GVAPTRCKRR VVEGGGGSGG GGS

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #4: HIV envelope gp41 ectodomain

分子名称: HIV envelope gp41 ectodomain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.205666 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVRRG FLGAAGSTMG AASITLTVQA RQLLSGIVQP QNNLLRAPEA QQHLLKLGVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNKSLD EIWNNMTWLQ WDKEIGNYTQ LIYRLIEESQ NQQEKNEKEL LALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 27 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 %

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 58.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7llk

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 200000
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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