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万見
- EMDB-49366: Tuna P-glycoprotein Apo Conformation 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-49366
タイトルTuna P-glycoprotein Apo Conformation 1
マップデータOriginal sharpened map from CryoSPARC
試料
  • 複合体: ABC transporter from yellowfin tuna
    • タンパク質・ペプチド: Permeability Glycoprotein (P-gp)
キーワードABC Transporter / Membrane protein / TRANSPORT PROTEIN / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP
生物種Thunnus albacares (キハダ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å
データ登録者Young MA / Rees SD / Nicklisch SCT / Stowell M / Hamdoun A / Chang G / Center for Structures of Membrane Proteins (CSMP)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)ES027921 米国
引用ジャーナル: Environ Sci Technol / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM Structures of Apo and DDT-Bound P-Glycoprotein in Yellowfin Tuna.
著者: Megan A Young / Steven D Rees / Sascha C T Nicklisch / Michael H B Stowell / Amro Hamdoun / Geoffrey Chang /
要旨: Persistent pollutants in the ocean impact the safety of seafood. Many emerging and legacy persistent organic pollutants (POPs) have been disposed into the world's oceans, exemplified by the recent ...Persistent pollutants in the ocean impact the safety of seafood. Many emerging and legacy persistent organic pollutants (POPs) have been disposed into the world's oceans, exemplified by the recent discovery of large amounts of the halogenated pesticide dichlorodiphenyltrichloroethane (DDT) waste in the waters of Southern California. The biological mechanisms governing persistence and trophic transfer of marine pollutants into seafood species remain incompletely understood. Xenobiotic transporters, such as P-glycoprotein (P-gp), are present in all organisms and prevent the accumulation of toxic chemicals. Our previous work has demonstrated that halogenated marine pollutants can act as inhibitors of human and murine P-gp transporters by interacting with their binding site and impeding transport. Using cryo-EM, we determined the molecular interactions of DDT with P-glycoprotein from yellowfin tuna (). The results reveal that the conformation of the transporter samples multiple degrees of widening in the absence of substrate. We also show that DDT binds in a singular, wide inward-facing conformation that could inhibit the transport cycle. This transporter inhibition may contribute to the bioaccumulation of DDT in tuna. This study highlights the capacity of persistent organic pollutants to act at multiple points in the food chain to inhibit this critical transport mechanism.
履歴
登録2025年2月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月4日-
マップ公開2025年6月4日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_49366.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_49366.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Original sharpened map from CryoSPARC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.87 Å/pix.
x 160 pix.
= 299.2 Å		1.87 Å/pix.
x 160 pix.
= 299.2 Å		1.87 Å/pix.
x 160 pix.
= 299.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.13
最小 - 最大-1.1685315 - 2.0750186
平均 (標準偏差)0.0004706853 (±0.044064965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 299.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_49366_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_49366_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABC transporter from yellowfin tuna

全体名称: ABC transporter from yellowfin tuna
要素
  • 複合体: ABC transporter from yellowfin tuna
    • タンパク質・ペプチド: Permeability Glycoprotein (P-gp)

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超分子 #1: ABC transporter from yellowfin tuna

超分子名称: ABC transporter from yellowfin tuna / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thunnus albacares (キハダ)
分子量理論値: 1.43 MDa

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分子 #1: Permeability Glycoprotein (P-gp)

分子名称: Permeability Glycoprotein (P-gp) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thunnus albacares (キハダ)
分子量理論値: 144.6805 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類)
配列文字列: MEGKEEMEML ANAKPHKNGG LREVKDEDDK KTGEKKKEKG AKLPMVGPLA LFRFADGKDI VLIFMGTVMS VAHGAVLPLM CIVFGDMTD SFIKDSMTSH IQITQITNPQ FTFTYPQSTL QEDMQSFAIY YSIMGFVVLV AAYMQVSFWA LAAGRQVRRI R KLFFHRIM ...文字列:
MEGKEEMEML ANAKPHKNGG LREVKDEDDK KTGEKKKEKG AKLPMVGPLA LFRFADGKDI VLIFMGTVMS VAHGAVLPLM CIVFGDMTD SFIKDSMTSH IQITQITNPQ FTFTYPQSTL QEDMQSFAIY YSIMGFVVLV AAYMQVSFWA LAAGRQVRRI R KLFFHRIM QQDIGWFDVN ETGELNTRLT DDVYKIQEGI GDKVGMLIQA FSTFITSFII GFVKGWKLTL VILAVSPALG IS AAIFGKV LTNFTAKEQT AYAKAGAVAE EVLSAIRTVF AFSGQDREIK RYHKNLEDAK NMGIKKAISA NIAMGFTFLM IYL SYALAF WYGSILIMSK EYTIGTVLTV FFVVLIGAFT MGQTSPNIQS FASARGAAHK VYSIIDNQPC IDSYSDAGFK PDSI KGNIE FRNIHFNYPS RPDVKILNNM SLSVKSGQTI ALVGSSGCGK STTIQLLQRF YDPQEGSVSI DTHDIRSLNV RYLRE MIGV VSQEPILFAT TIAENIKYGR PDVTQQEIEQ AAKEANAYDF IMNLPDKFET LVGDRGTQMS GGQKQRIAIA RALVRN PKI LLLDEATSAL DAESETIVQA ALDKVRLGRT TIVVAHRLST IRNADVIAGF HKGDVIELGT HSQLMEKQGV YYTLVTM QT FQQVEDGEES EYEQAEDEKS PSVKSFSQSS LYRRKSTRGS SFAGSEGERE EKEKLRDVTD RAEEDENVPP VSFLKVMR L NLSEWPYMAL GTFCAIINGM MQPLFAVIFS KIIAVFAEPN QEIVRQKSEF FSLMFAAIGG VTFVTMFLQG FCFGKSGEL LTLKLRLGAF KSMMRQDLGW FDNPKNSVGA LTTRLATDAA QVQGATGVRM ATLAQNIANL GTSIIISFVY GWELTLLILS VVPIMAVAG SVQMQLLAGH AAEDKKELEK AGKIATEAIE NIRTVASLTR EPKFESLYQE NLHVPYKNSQ KKAHVYGFTF S FSQAMIYF AYAGCFRFGA WLIKEGRMDA EGVYLVISAV LFGAMAVGEA NSFTPNYAKA KMSASHLMML MNREPAIDNL SE EGQSPDK FDGNVRFEGV KFNYPSRPEV PILRGLNLKV SKGETLALVG SSGCGKSTTI QLLERFYDPM HGKVELDGIS AKQ LNIHWL RSQIGIVSQE PVLFDCTLAE NIAYGDNSRT VTLEEIQAAA KAANIHSFIE NLPQGYDTQA GDKGTQLSGG QKQR IAIAR AILRNPKLLL LDEATSALDT ESEKVVQEAL DQASRGRTCI VVAHRLSTIQ NADRIAVFQA GVVVEQGTHQ QLLAK KGIY SMLVNTQMGH ERNCIDHHHH HH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態2D array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMHEPES
150.0 mMSodium chlorideNaCl
1.0 mMMagnesium chlorideMgCl2
0.02 %LMNG

詳細: 50 mM HEPES pH 8, 150 mM NaCl, 0.02% LMNG, 1mM MgCl2
グリッドモデル: SPT Labtech self-wicking R1.2/0.8 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.00012 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: SPT LABTECH CHAMELEON
詳細: The grids were glow discharged for 80sec at 12mA, with a relative humidity of 82% and temperature 21.5oC maintained throughout preparation. Samples of purified protein were concentrated to ...詳細: The grids were glow discharged for 80sec at 12mA, with a relative humidity of 82% and temperature 21.5oC maintained throughout preparation. Samples of purified protein were concentrated to 1mg/mL and ultracentrifuged in a Beckmann Optima Ultracentrifuge for 15 minutes prior to grid preparation. The sample was applied via 2-S application mode by the Chameleon, allowed to wick for 530ms via the grid nanowires, and subsequently plunged into liquid ethane maintained at -180oC..
詳細Vitrified, monodisperse sample of transporter proteins in detergent micelles

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4800000
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.5.3) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold 2 Model
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98100
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細: The initial model was predicted using AlphaFold 2 software.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 131
得られたモデル

PDB-9nfi:
Tuna P-glycoprotein Apo Conformation 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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