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タイトルCryo-EM Structures of Apo and DDT-Bound P-Glycoprotein in Yellowfin Tuna.
ジャーナル・号・ページEnviron Sci Technol, Vol. 59, Issue 22, Page 11251-11260, Year 2025
掲載日2025年6月10日
著者Megan A Young / Steven D Rees / Sascha C T Nicklisch / Michael H B Stowell / Amro Hamdoun / Geoffrey Chang /
PubMed 要旨Persistent pollutants in the ocean impact the safety of seafood. Many emerging and legacy persistent organic pollutants (POPs) have been disposed into the world's oceans, exemplified by the recent ...Persistent pollutants in the ocean impact the safety of seafood. Many emerging and legacy persistent organic pollutants (POPs) have been disposed into the world's oceans, exemplified by the recent discovery of large amounts of the halogenated pesticide dichlorodiphenyltrichloroethane (DDT) waste in the waters of Southern California. The biological mechanisms governing persistence and trophic transfer of marine pollutants into seafood species remain incompletely understood. Xenobiotic transporters, such as P-glycoprotein (P-gp), are present in all organisms and prevent the accumulation of toxic chemicals. Our previous work has demonstrated that halogenated marine pollutants can act as inhibitors of human and murine P-gp transporters by interacting with their binding site and impeding transport. Using cryo-EM, we determined the molecular interactions of DDT with P-glycoprotein from yellowfin tuna (). The results reveal that the conformation of the transporter samples multiple degrees of widening in the absence of substrate. We also show that DDT binds in a singular, wide inward-facing conformation that could inhibit the transport cycle. This transporter inhibition may contribute to the bioaccumulation of DDT in tuna. This study highlights the capacity of persistent organic pollutants to act at multiple points in the food chain to inhibit this critical transport mechanism.
リンクEnviron Sci Technol / PubMed:40439033 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.79 - 4.02 Å
構造データ

49366

9nfi

EMDB-49366, PDB-9nfi:
Tuna P-glycoprotein Apo Conformation 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.79 Å

49367

9nfj

EMDB-49367, PDB-9nfj:
Tuna P-glycoprotein Apo Conformation 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.98 Å

49368

9nfk

EMDB-49368, PDB-9nfk:
Tuna P-glycoprotein Apo Conformation 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.99 Å

49369

9nfl

EMDB-49369, PDB-9nfl:
Tuna P-glycoprotein Apo Conformation 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.02 Å

49370

9nfm

EMDB-49370, PDB-9nfm:
Tuna P-glycoprotein bound to DDT
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.89 Å

化合物

ChemComp-6WT:
1-chloranyl-4-[2,2,2-tris(chloranyl)-1-(4-chlorophenyl)ethyl]benzene / DDT

由来
  • thunnus albacares (キハダ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ABC Transporter / Membrane protein / Structural Genomics / PSI-Biology / Center for Structures of Membrane Proteins / CSMP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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