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- EMDB-48638: Structure of Human SLC33A1 in complex with oxidized glutathione -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-48638
タイトルStructure of Human SLC33A1 in complex with oxidized glutathione
マップデータDensity modified map for coordinate refinement
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Human SLC33A1 with MAP tag insertion
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A transporter 1
  • リガンド: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE
キーワードGlutathione / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetyl-CoA transmembrane transporter activity / acetyl-CoA transmembrane transport / Transport of vitamins, nucleosides, and related molecules / Defective SLC33A1 causes spastic paraplegia 42 (SPG42) / transmembrane transport / Golgi membrane / endoplasmic reticulum membrane / protein homodimerization activity / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetyl-coenzyme A transporter 1-like / Acetyl-coenzyme A transporter 1 / AmpG-like permease/Acetyl-coenzyme A transporter 1 / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-coenzyme A transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å
データ登録者Gad M / Hite RK
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Other private
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: SLC33A1 exports oxidized glutathione to maintain endoplasmic reticulum redox homeostasis
著者: Liu S / Gad M / Li C / Cho K / Wangdu K / Liu Y / Millet A / Kojima H / Urnavicius L / Patti G / Belay V / Vinogradova K / Hite RK / Birsoy K
履歴
登録2025年1月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年2月25日-
マップ公開2026年2月25日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_48638.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_48638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Density modified map for coordinate refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 278.4 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 278.4 Å		0.73 Å/pix.
x 384 pix.
= 278.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.725 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.0
最小 - 最大-18.703434000000001 - 28.425650000000001
平均 (標準偏差)-0.0000026105695 (±0.32750064)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 278.40002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_48638_half_map_1.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_48638_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human SLC33A1 with MAP tag insertion

全体名称: Human SLC33A1 with MAP tag insertion
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Human SLC33A1 with MAP tag insertion
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A transporter 1
  • リガンド: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE

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超分子 #1: Human SLC33A1 with MAP tag insertion

超分子名称: Human SLC33A1 with MAP tag insertion / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62 KDa

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分子 #1: Acetyl-coenzyme A transporter 1

分子名称: Acetyl-coenzyme A transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 62.159895 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSPTISHKDS SRQRRPGNFS HSLDMKSGPL PPGGWDDSHL DSAGREGDRE ALLGDTGTGD FLKAPQSFRA ELSSILLLLF LYVLQGIPL GLAGSIPLIL QSKNVSYTDQ AFFSFVFWPF SLKLLWAPLV DAVYVKNFGR RKSWLVPTQY ILGLFMIYLS T QVDRLLGN ...文字列:
MSPTISHKDS SRQRRPGNFS HSLDMKSGPL PPGGWDDSHL DSAGREGDRE ALLGDTGTGD FLKAPQSFRA ELSSILLLLF LYVLQGIPL GLAGSIPLIL QSKNVSYTDQ AFFSFVFWPF SLKLLWAPLV DAVYVKNFGR RKSWLVPTQY ILGLFMIYLS T QVDRLLGN TDDRTPDVIA LTVAFFLFEF LAATQDIAVD GWALTMLSRE NVGYASTCNS VGQTAGYFLG NVLFLALESA DF CNKYLRF QPQPRGIVTL SDFLFFWGTV FLITTTLVAL LKKENEVSVV KEETQGITDT YKLLFAIIKM PAVLTFCLLI LTA KIGFSA ADAVTGLKLV EEGVPKEHLA LLAVPMVPLQ IILPLIISKY TAGPQPLNTF YKAMPYRLLL GLEYALLVWW TPKV EGDGM VPPGPIYYYI VVLLSYALHQ VTVYSMYVSI MAFNAKVSDP LIGGTYMTLL NTVSNLGGNW PSTVALWLVD PLTVK ECVG ASNQNCRTPD AVELCKKLGG SCVTALDGYY VESIICVFIG FGWWFFLGPK FKKLQDEGSS SWKCKRNNSN SLEVLF Q

UniProtKB: Acetyl-coenzyme A transporter 1

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分子 #2: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE

分子名称: OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: GDS
分子量理論値: 612.631 Da
Chemical component information

ChemComp-GDS:
OXIDIZED GLUTATHIONE DISULFIDE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
150.0 mMpotassium chlorideKCl
0.01 percentLMNG
0.001 percentCHS
18.0 micromolarGDN
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.26 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 215071
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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