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万見
- EMDB-44896: Human SCNN1B-SCNN1G ENaC dimers -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-44896
タイトルHuman SCNN1B-SCNN1G ENaC dimers
マップデータMap of beta gamma ENaC dimers with Fabs and one of the two dimers masked.
試料
  • 複合体: Amiloride-sensitive sodium channel subunits BETA, and GAMMA in complex with 10D4 Fab
    • 複合体: Human beta subunit isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta
    • 複合体: Human gamma subunit isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma
    • 複合体: Fab fragment from 10D4 IgG
      • タンパク質・ペプチド: 10D4 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 10D4 Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードIon channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / neutrophil-mediated killing of bacterium / aldosterone metabolic process / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / sensory perception of sour taste / cellular response to aldosterone / sodium channel complex / epithelial fluid transport ...sensory perception of salty taste / Sensory perception of salty taste / neutrophil-mediated killing of bacterium / aldosterone metabolic process / leukocyte activation involved in inflammatory response / cellular response to vasopressin / sensory perception of sour taste / cellular response to aldosterone / sodium channel complex / epithelial fluid transport / mucus secretion / sodium ion homeostasis / renal system process / neutrophil activation involved in immune response / artery smooth muscle contraction / multicellular organismal-level water homeostasis / potassium ion homeostasis / intracellular sodium ion homeostasis / sodium ion import across plasma membrane / lung alveolus development / ligand-gated sodium channel activity / WW domain binding / response to food / erythrocyte homeostasis / ciliary transition zone / monoatomic ion channel activity / cellular response to acidic pH / cytoplasmic vesicle membrane / sodium ion transmembrane transport / regulation of blood pressure / Stimuli-sensing channels / multicellular organism growth / gene expression / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Epithelial sodium channel subunit beta / Epithelial sodium channel subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Houser A / Baconguis I
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM138862 米国
Cystic Fibrosis FoundationBACONG22G0 米国
National Science Foundation (NSF, United States)GVPRS0015B4 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural insights into subunit-dependent functional regulation in epithelial sodium channels.
著者: Alexandra Houser / Isabelle Baconguis /
要旨: Epithelial sodium channels (ENaCs) play a crucial role in Na reabsorption in mammals. To date, four subunits have been identified-α, β, γ, and δ-believed to form different heteromeric complexes. ...Epithelial sodium channels (ENaCs) play a crucial role in Na reabsorption in mammals. To date, four subunits have been identified-α, β, γ, and δ-believed to form different heteromeric complexes. Currently, only the structure of the αβγ complex is known. To investigate the formation of channels with different subunit compositions and to determine how each subunit contributes to distinct channel properties, we co-expressed human δ, β, and γ. Using single-particle cryoelectron microscopy, we observed three distinct ENaC complexes. The structures unveil a pattern in which β and γ positions are conserved among the different complexes while the α position in αβγ trimer is occupied by either δ or another β. The δ subunit induces structural rearrangements in the γ subunit, which may contribute to the differences in channel activity between αβγ and δβγ channels. These structural changes provide molecular insights into how ENaC subunit composition modulates channel function.
履歴
登録2024年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_44896.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_44896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of beta gamma ENaC dimers with Fabs and one of the two dimers masked.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 363.44 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 363.44 Å		0.83 Å/pix.
x 440 pix.
= 363.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.18390238 - 0.45775765
平均 (標準偏差)0.0008643797 (±0.009604285)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 363.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_44896_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw map of beta gamma ENaC dimers. Collected...

ファイルemd_44896_additional_1.map
注釈Raw map of beta gamma ENaC dimers. Collected with a raw pixel size of 0.413. Micrographs were F-cropped by 0.5, box size for particles is 440.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened map of masked single beta gamma dimer...

ファイルemd_44896_additional_2.map
注釈Sharpened map of masked single beta gamma dimer used for model building.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map A of the raw unmasked map

ファイルemd_44896_half_map_1.map
注釈Half map A of the raw unmasked map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of the raw unmasked map

ファイルemd_44896_half_map_2.map
注釈Half map B of the raw unmasked map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Amiloride-sensitive sodium channel subunits BETA, and GAMMA in co...

全体名称: Amiloride-sensitive sodium channel subunits BETA, and GAMMA in complex with 10D4 Fab
要素
  • 複合体: Amiloride-sensitive sodium channel subunits BETA, and GAMMA in complex with 10D4 Fab
    • 複合体: Human beta subunit isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta
    • 複合体: Human gamma subunit isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma
    • 複合体: Fab fragment from 10D4 IgG
      • タンパク質・ペプチド: 10D4 Fab
      • タンパク質・ペプチド: 10D4 Fab
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Amiloride-sensitive sodium channel subunits BETA, and GAMMA in co...

超分子名称: Amiloride-sensitive sodium channel subunits BETA, and GAMMA in complex with 10D4 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / 詳細: Fab fragment from 10D4 IgG

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超分子 #2: Human beta subunit isoform 1

超分子名称: Human beta subunit isoform 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Human gamma subunit isoform 1

超分子名称: Human gamma subunit isoform 1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Fab fragment from 10D4 IgG

超分子名称: Fab fragment from 10D4 IgG / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2, #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta

分子名称: Amiloride-sensitive sodium channel subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.728891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHVKKYLLKG LHRLQKGPGY TYKELLVWYC DNTNTHGPKR IICEGPKKKA MWFLLTLLFA ALVCWQWGIF IRTYLSWEVS VSLSVGFKT MDFPAVTICN ASPFKYSKIK HLLKDLDELM EAVLERILAP ELSHANATRN LNFSIWNHTP LVLIDERNPH H PMVLDLFG ...文字列:
MHVKKYLLKG LHRLQKGPGY TYKELLVWYC DNTNTHGPKR IICEGPKKKA MWFLLTLLFA ALVCWQWGIF IRTYLSWEVS VSLSVGFKT MDFPAVTICN ASPFKYSKIK HLLKDLDELM EAVLERILAP ELSHANATRN LNFSIWNHTP LVLIDERNPH H PMVLDLFG DNHNGLTSSS ASEKICNAHG CKMAMRLCSL NRTQCTFRNF TSATQALTEW YILQATNIFA QVPQQELVEM SY PGEQMIL ACLFGAEPCN YRNFTSIFYP HYGNCYIFNW GMTEKALPSA NPGTEFGLKL ILDIGQEDYV PFLASTAGVR LML HEQRSY PFIRDEGIYA MSGTETSIGV LVDKLQRMGE PYSPCTVNGS EVPVQNFYSD YNTTYSIQAC LRSCFQDHMI RNCN CGHYL YPLPRGEKYC NNRDFPDWAH CYSDLQMSVA QRETCIGMCK ESCNDTQYKM TISMADWPSE ASEDWIFHVL SQERD QSTN ITLSRKGIVK LNIYFQEFNY RTIEESAANN IVWLLSNLGG QFGFWMGGSV LCLIEFGEII IDFVWITIIK LVALAK SLR QRRAQASYAG PPPTVAELVE AHTNFGFQPD TAPRSPNTGP YPSEQALPIP GTPPPNYDSL RLQPLDVIES DSEGDAI

UniProtKB: Epithelial sodium channel subunit beta

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分子 #2: 10D4 Fab

分子名称: 10D4 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 9.890183 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
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分子 #3: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma

分子名称: Amiloride-sensitive sodium channel subunit gamma / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.352984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAPGEKIKAK IKKNLPVTGP QAPTIKELMR WYCLNTNTHG CRRIVVSRGR LRRLLWIGFT LTAVALILWQ CALLVFSFYT VSVSIKVHF RKLDFPAVTI CNINPYKYST VRHLLADLEQ ETREALKSLY GFPESRKRRE AESWNSVSEG KQPRFSHRIP L LIFDQDEK ...文字列:
MAPGEKIKAK IKKNLPVTGP QAPTIKELMR WYCLNTNTHG CRRIVVSRGR LRRLLWIGFT LTAVALILWQ CALLVFSFYT VSVSIKVHF RKLDFPAVTI CNINPYKYST VRHLLADLEQ ETREALKSLY GFPESRKRRE AESWNSVSEG KQPRFSHRIP L LIFDQDEK GKARDFFTGR KRKVGGSIIH KASNVMHIES KQVVGFQLCS NDTSDCATYT FSSGINAIQE WYKLHYMNIM AQ VPLEKKI NMSYSAEELL VTCFFDGVSC DARNFTLFHH PMHGNCYTFN NRENETILST SMGGSEYGLQ VILYINEEEY NPF LVSSTG AKVIIHRQDE YPFVEDVGTE IETAMVTSIG MHLTESFKLS EPYSQCTEDG SDVPIRNIYN AAYSLQICLH SCFQ TKMVE KCGCAQYSQP LPPAANYCNY QQHPNWMYCY YQLHRAFVQE ELGCQSVCKE ACSFKEWTLT TSLAQWPSVV SEKWL LPVL TWDQGRQVNK KLNKTDLAKL LIFYKDLNQR SIMESPANSI EMLLSNFGGQ LGLWMSCSVV CVIEIIEVFF IDFFSI IAR RQWQKAKEWW AWKQAPPCPE APRSPQGQDN PALDIDDDLP TFNSALHLPP ALGTQVPGTP PPKYNTLRLE RAFSNQL TD TQMLDEL

UniProtKB: Epithelial sodium channel subunit gamma

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分子 #4: 10D4 Fab

分子名称: 10D4 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 6.230672 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.275 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMKClpotassium chloride
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
5.0 mMCaCl2calcium chloride

詳細: Vitrobot blot parameters were set to a wait time of 0s, blot time of 2s, and a blot force of 1
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 70 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Monodisperse sample of beta and gamma ENaC with 10D4 Fab for the beta subunit

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6021 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1121564
詳細: From blob picking in cryoSPARC with a box size of 440 with a maximum particle diameter of 250 and a minimum of 150. Minimum separation distance was 0.6 diameters
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6wth

最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
詳細: Local Resolution with one of the dimers and the Fabs masked out
使用した粒子像数: 248323
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 150000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
詳細: 248,325 in the class used for final reconstruction and 58,610 particles in the other class
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6wth


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9btu:
Human SCNN1B-SCNN1G ENaC dimers

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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