+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with HflXr (structure III) | |||||||||||||||
![]() | Cryo-EM map of the Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with HflXr (structure III) | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | cryo-EM / recycling / HflXr / time-resolved / RIBOSOME | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / ribosome binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation ...large ribosomal subunit / ribosome binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||||||||
![]() | Seely SM / Basu RS / Gagnon MG | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanistic insights into the alternative ribosome recycling by HflXr. 著者: Savannah M Seely / Ritwika S Basu / Matthieu G Gagnon / ![]() 要旨: During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue ...During stress conditions such as heat shock and antibiotic exposure, ribosomes stall on messenger RNAs, leading to inhibition of protein synthesis. To remobilize ribosomes, bacteria use rescue factors such as HflXr, a homolog of the conserved housekeeping GTPase HflX that catalyzes the dissociation of translationally inactive ribosomes into individual subunits. Here we use time-resolved cryo-electron microscopy to elucidate the mechanism of ribosome recycling by Listeria monocytogenes HflXr. Within the 70S ribosome, HflXr displaces helix H69 of the 50S subunit and induces long-range movements of the platform domain of the 30S subunit, disrupting inter-subunit bridges B2b, B2c, B4, B7a and B7b. Our findings unveil a unique ribosome recycling strategy by HflXr which is distinct from that mediated by RRF and EF-G. The resemblance between HflXr and housekeeping HflX suggests that the alternative ribosome recycling mechanism reported here is universal in the prokaryotic kingdom. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 256.5 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 53.5 KB 53.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 90.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 512 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 11.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 264.5 MB 475.4 MB 475.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8uuaMC ![]() 8uu4C ![]() 8uu5C ![]() 8uu6C ![]() 8uu7C ![]() 8uu8C ![]() 8uu9C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Cryo-EM map of the Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with HflXr (structure III) | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with...
ファイル | emd_42577_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with HflXr (structure III) Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with...
ファイル | emd_42577_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with HflXr (structure III) Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with...
ファイル | emd_42577_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Listeria innocua 50S ribosomal subunit in complex with HflXr (structure III) Half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
+全体 : Listeria innocua 50S ribosomal subunit bound to HflXr
+超分子 #1: Listeria innocua 50S ribosomal subunit bound to HflXr
+分子 #1: GTPase HflX
+分子 #4: Large ribosomal subunit protein uL2
+分子 #5: Large ribosomal subunit protein uL3
+分子 #6: Large ribosomal subunit protein uL4
+分子 #7: Large ribosomal subunit protein uL5
+分子 #8: Large ribosomal subunit protein uL6
+分子 #9: Large ribosomal subunit protein uL13
+分子 #10: Large ribosomal subunit protein uL14
+分子 #11: Large ribosomal subunit protein uL15
+分子 #12: Large ribosomal subunit protein uL16
+分子 #13: Large ribosomal subunit protein bL17
+分子 #14: Large ribosomal subunit protein uL18
+分子 #15: Large ribosomal subunit protein bL19
+分子 #16: Large ribosomal subunit protein bL20
+分子 #17: Large ribosomal subunit protein bL21
+分子 #18: Large ribosomal subunit protein uL22
+分子 #19: Large ribosomal subunit protein uL23
+分子 #20: Large ribosomal subunit protein uL24
+分子 #21: Large ribosomal subunit protein bL27
+分子 #22: Large ribosomal subunit protein bL28
+分子 #23: Large ribosomal subunit protein uL29
+分子 #24: Large ribosomal subunit protein uL30
+分子 #25: Large ribosomal subunit protein bL31B
+分子 #26: Large ribosomal subunit protein bL32
+分子 #27: Large ribosomal subunit protein bL33
+分子 #28: Large ribosomal subunit protein bL34
+分子 #29: Large ribosomal subunit protein bL35
+分子 #30: Large ribosomal subunit protein bL36
+分子 #2: 23S Ribosomal RNA
+分子 #3: 5S Ribosomal RNA
+分子 #31: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
+分子 #32: MAGNESIUM ION
+分子 #33: POTASSIUM ION
+分子 #34: ZINC ION
+分子 #35: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: LEICA EM GP |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10446 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |